创新是发展的根本动力,中华民族想要真正屹立世界民族之林,一定要掌握核心创造力。我国政府高度重视科技自主创新的重要性,在2016年发布“十三五”国家科技创新规划就为我国转变成创新型国家提供了行动指南,随着2018年中美贸易战的爆发,我国研发创新能力的提升紧迫性愈加体现出来。在提升国家创新能力中最重要的就是对企业创新能力的提升,其中制造业直接与社会生产力挂钩,因此制造业企业的创新更是我国经济从由量取胜转向由质取胜的关键力量。我国采取了财税政策等一系列措施来促进企业研发创新,研发费用加计扣除政策就是税收优惠政策中的一种。在过去的二十年里,我国对研发费用加计扣除政策不断完善,在近几年更是相继扩大政策惠及范围并增强了政策的优惠力度。但是,“十三五”规划临近结尾,其中部分目标还没有实现,那么我国研发费用加计扣除政策是否如期发挥效果,是否有效的提高了制造业企业创新能力,对企业创新能力的提高又是否转化为企业实际的绩效成果,这些问题还有待研究。本文选取沪深A股中符合研究条件的2325家制造业上市公司作为样本,搜集其2015至2019五年的相关数据,利用state16.0软件进行实证分析。在实证分析中,本文分别使用研发资金投入强度衡量企业研发投入,用专利申请数量来衡量企业研发产出,应用经济附加值（EVA）指标评价企业创新绩效,进而研究研发费用加计扣除对研发资金投入、研发产出和企业创新绩效的影响。研究发现:（1）制造业上市公司研发投入强度高于全社会企业平均水平,研发资金投入强度平均水平为4.68%,展现出制造业A股在国家科技创新建设过程中所起的重要作用。（2）加计扣除政策对企业研发投入呈显著激励效应,企业享受的加计扣除政策每增加1个单位点,可以促进企业研发投入强度提高3.384个单位;加计扣除政策对企业研发产出的激励效果也显著相关,企业加计扣除优惠力度每增加一个单位,企业产出强度增加约49.506个单位。加计扣除政策实施对企业研发绩效影响方面,被解释变量每增加一个单位,企业EVA率增长约0.491个单位,且在1%水平上显著相关,证实研发费用加计扣除政策显著激励了创新绩效。根据研究结果,本文提出应进一步完善和普及研发费用加计扣除政策,企业层面应该完善研发费用管理等具体对策。