基于生态系统的保护是防止生物多样性丧失的重要手段,已成为保护生物学研究的热点。对生态系统保护等级进行划分,确定局域、区域和全球尺度上生态系统保护的优先性,可为制定生态系统保护方案提供重要依据。本论文以我国森林生态系统为研究对象,以面积流失率、幅度、代表性和重点保护物种等的生态系统属性作为生态系统优先保护等级划分的评价指标。基于20世纪80年代我国自然森林生态系统分布图、2010年我国土地利用图、国家级自然保护区分布图、中国植被分区图以及全国重点保护野生动植物分布数据等,利用GIS的叠加分析功能,进行图层叠加运算和重分类,再进行定量评估和归一化,将森林生态系统划分为一级优先保护、二级优先保护和三级优先保护3个级别。研究结果如下：(1)我国自然森林生态系统在过去30年间大面积减少。森林生态系统的面积由80年代的1513929.85km2,减少到2010年的938676.51km2,总面积减少了575253.34km2,减少率达到38.0%。其中温带针叶林面积减少了原始面积的59.3%,主要集中在中原地区南部,转变为其他土地利用类型；亚热带季风常绿阔叶林面积减少率最小,比例为12.9%。(2)截止到2014年底,尽管我国已建立2669个自然保护区(其中国家级自然保护区428个),自然保护区总面积为146.31万km2,国家级自然保护区面积94.66万km2,分别占国土面积的15.24%和9.7%,但是仍有42类森林生态系统没有受到国家级自然保护区的保护,且目前的保护面积也只占森林生态系统总面积的8.49%,因而森林生态系统的保护仍需继续加强。(3)根据本研究,将我国202类自然森林生态系统划分为3个等级,其中,一级优先保护25类,二级优先保护113类,三级优先保护64类。一级优先保护生态系统所占的比例最大,占我国国土面积的6.47%,从南到北均有分布。二级优先保护的生态系统数量最多,但是面积与一级优先保护等级的面积相差甚多,占国土面积的2.56%,主要分布在国的西南地区。三级优先保护生态系统所占比例最小,占国土面积的0.27%,零星分布在我国的东北地区和西部地区。一级优先保护生态系统所占的比例最大,表明了森林生态系统急切需要保护以防止进一步丧失。(4)一级优先保护森林生态系统受国家级自然保护区保护的比例为5.36%,二级优先保护类型受国家级自然保护区保护的比例为12.66%,三级优先保护类型受国家级自然保护区保护的比例为27.41%,保护空缺主要在内蒙古东北部、黑龙江北部、云南、广西、东部沿海一带和台湾地区。根据我国国家级自然保护区的空间分布情况,建议通过调整保护区的面积或功能分区来保护更多的生态系统,或者在森林集中分布区域新建保护区。