以往研究表明在金鱼雌核发育单倍体胚胎发育过程中，一些对发育起关键作用的基因未能被选择表达或表达受阻，从而导致单倍体发育畸形。据罗琛等研究发现单倍体胚胎发育不正常是因为单倍体不能选择二倍体依赖的调控系统。其中Vsxl基因在单倍体正常眼胚胎中能够表达，而在无腔眼中不能表达。与二倍体相比，Vsxl基因在单倍体胚胎中未能被选择表达，可能与单倍体胚胎发育异常有关。 为了揭示金鱼雌核发育单倍体胚胎发育过程中的这种发育异常的机制，本文以遗传背景一致的金鱼雌核发育单倍体形成的正常眼和无腔眼发育阶段的胚胎为材料，通过蛋白质表达水平的差异进行分析，试图探讨影响雌核发育单倍体金鱼眼睛发育的基因表达调控机理。首先提取胚胎的全蛋白质，采用双向凝胶电泳进行蛋白质点的分离，获得了重复性较好的凝胶图谱，采用PDQUEST 2-D分析软件对两者之间的差异蛋白质进行比较分析，经MALDI-TOF/TOF和ESI-QITOF分析，通过MaSCOt软件搜索初步鉴定了27个差异蛋白质点。 由于金鱼基因组数据库的缺乏，给其蛋白质鉴定带来了一定的困难。基于同源性搜索的blast方法(MS BLAST)，是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具，已成功应用于许多未知基因组物种的蛋白质鉴定。本文采用MS BLAST方法对经Mascot软件搜索未能鉴定到的差异蛋白重新鉴定，又有16个差异蛋白质得到了初步鉴定，其中9个是直接测序后进行MS BLAST搜索得到的结果，另外7个是联合MS BLAST和SPITC衍生方法得到的鉴定结果。 通过对这些差异蛋白质点的功能分析，发现了一些与眼睛发育、神经发育、发育调控、细胞分化和信号传导等相关的重要蛋白质。另外，某些重要差异蛋白质已通过Western blotting实验得到了进一步的验证。