为促进加工贸易发展，2000年国务院正式批准设立了出口加工区。5年的运作，“境内关外”的出口加工区显示出强大的生命力，在全国已形成了迅猛的发展势头，同时对周边地区的经济发展也起到了辐射和带动作用。然而，随着加工贸易的自身发展变化，以及加入WTO后对海关特殊监管区域形成的挑战，作为新生事物的出口加工区，在实践中已经开始暴露出了存在的一些制度上的问题，必须要进行功能深化调整，才能应对国内外经济形势的变化要求，进一步发挥出口加工区在促进和引导加工贸易转型升级中的作用。 本研究以苏州高新区出口加工区为具体事例，通过对比分析方法，研究、探讨出口加工区与世界其他自由贸易区接轨的管理模式与政策；研究国内外出口加工区、加工区与其他监管区域、与自由贸易区等特殊区域在功能设定上的差异性和演变趋势，运用出口加工区的生命周期理论阐明了国内出口加工区转型的必然性和规律性，提出了当前我国出口加工区面临转型升级功能深化的论点，在此基础上，以苏州高新区出口加工区具备的现实条件为背景，以争创国内一流加工区为设定方向，论证了出口加工区保税加工与保税物流并重发展、增加贸易等功能及政策调整这些政策目标在现实下的可行性和路径的选择，为高新区出口加工区迎接跨越式发展提供理论依据，同时，本研究也为促进我国出口加工区的持续健康发展提供转型研究依据，因而也具有重要的普遍应用意义。