在当前我国经济转型的关键时期,机遇与挑战并存。全球新一轮科技革命带来科技创新,为经济发展增添动力。但粗放型经济增长方式依然存在。因此,要实现中国的经济增长方式由粗放型向集约型转变,提升区域科技创新能力为关键的因素。当前,国家也在大力推行创新驱动发展战略,财政支出政策作为政府参与市场经济的一种方式,是否会对区域科技创新能力产生影响?影响是否存在异质性?因此,在目前我国财政支出总量的上升空间有限的情况下,本文通过深入研究财政支出结构的区域差异对科技创新能力的影响,对优化地方财政支出结构,引导企业自主创新,提高我国区域科技创新能力具有重大意义。本文首先分析了我国财政支出与区域科技创新的现状,发现财政支出和科技创新能力的区域差异明显。其次,在创新产品的公共性、企业科技创新的外溢性、科技创新的不确定性以及财政支出相关理论的基础上,分析财政支出对区域科技创兴能力的影响机制,并给出研究假设。再次,通过建立OLS模型和分位数回归模型,研究财政支出结构对科技创新能力的影响。其中,用一个综合指标和五个一级指标来衡量区域科技创新能力。最后,针对上述研究得出的结论,给出政策建议。本文最终得出结论:财政支出规模对区域科技创新能力的影响随着地区科技创新能力的上升而逐渐减弱。从具体的财政支出项目来看,科学技术支出对区域科技创新能力的影响最大,但对我国的科技成果商业化方面的影响还很薄弱;教育支出存在很强的外部性,会形成地方政府对教育投入的驱劣竞争;一般公共服务支出会对区域科技创新能力产生负的影响;医疗卫生支出和交通运输支出对区域科技创新能力的影响并不显著。基于上述的研究和结论,本文从不同角度提出了政策建议:(1)扩大财政支出规模,提高财政支出效率。(2)以财政支出结构的优化引导区域科技创新能力升级,包括:创新科技投入方式,加大科技投入引导力度;合理分配教育资源,注重教育公平;优化医疗卫生支出区域配置,提高医疗水平;加强财政公共投资支出,严格支出监管。