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玉米(Zea mays L.)是我国第二大粮食作物,上世纪50年代以来我国玉米生产的发展取得了令人瞩目的成就,其中优良玉米杂交种的推广及应用在玉米产量提高方面起着决定性的作用。生产上大面积推广的品种多数来自黄早四、Mo17、掖478、丹340、自330等几个自交系及其改良系,这五个骨干自交系衍生了许多的优良自交系,并且在育种中发挥过很重要的作用。对这些玉米骨干亲本进行研究,在分子水平上把骨干自交系及衍生系之间的遗传关系搞清有利于进一步强化我国在玉米育种基础研究方面的原始创新,创造新的骨干亲本,更好地为育种服务。本文首先对来自不同单位的39份同名骨干亲本利用SSR分子标记技术进行了遗传差异和一致性分析,在此基础上利用289对SSR引物对五个骨干亲本及它们衍生系共93份材料进行全基因组扫描,分析了它们的遗传多样性和黄早四、Mo17、自330传递到衍生自交系的基因组区段的分布。主要研究结果如下:1.利用覆盖玉米全基因组的116个SSR标记对39份同名骨干亲本分析,共检测到400个等位变异,每对引物检测到1～4个,平均为3.45个,在来源不同的五个自交系中黄早四、掖478、Mo17遗传一致性最高,丹340和自330一致性差。2.利用覆盖玉米全基因组的289个SSR位点进行全基因组扫描,在93份玉米自交系中共检测到2845个等位变异,每对引物检测到2～28个,平均9.84个。根据分子标记聚类和根据系谱聚类一致性很好的有黄早四的衍生群和Mo17的衍生群,一致性较好的是掖478衍生群。而自330和丹340两个骨干亲本则差异较大。3.分析289对SSR位点在骨干亲本黄早四、Mo17、自330中检测到的等位变异,检测出三个骨干亲本的重要基因组区段。(1)黄早四:在超过60%的衍生自交系中传递的基因组区段共检测到50个,涉及78个SSR位点,在第1到第10染色体上分别覆盖336.7cM、195 cM、191.4 cM、283.6 cM、167.9 cM、201.1 cM、91.9 cM、105.9 cM、32.4 cM、285.1 cM,共1891 cM。通过比较本研究检测到的重要基因组区段与已发表的以黄早四为作图亲本的QTL定位结果,推测本研究检测到的6号染色体上重要基因组区段umc1186- umc1656与矮花叶病毒抗性相关。(2)Mo17:在衍生系中传递大于60%的基因组区段共检测到66个,涉及SSR位点96个,在第1到第10染色体上覆盖416.8cM、216.3 cM、132.5 cM、174.2 cM、80.8cM、94.3 cM、122.4cM、233 cM、197.1 cM、137 cM,共2004.4cM。(3)自330在衍生系中高比例传递的基因组区段共检测到69个,涉及SSR位点89个,在第1到第10染色体上分别覆盖370.1cM、145 cM、97.8cM、129.6cM、139.4cM、163.8cM、147.5cM、233 cM、37cM、199.8 cM,共1663cM。