目的系统生物学层面探讨肌层浸润性膀胱移行细胞癌间质蛋白表达谱的特点,并探讨膀胱肿瘤的生物学特性及生物标记组发现。方法(1)激光捕获显微切割获得纯化的浸润性膀胱移行细胞癌间质细胞/正常间质细胞。(2)二维液相色谱分离多肽混合物,电喷雾串联质谱鉴定蛋白质。(3)生物信息学方法分析鉴定蛋白质。(4)GO对蛋白质表达特点进行总体描述。(5)差异表达蛋白质生物通路分析。(6)候选生物标记物的统计学分析。结果4例配对癌间质/正常间质标本中共表达蛋白868/872个,差异表达蛋白978个。487/491个蛋白特异表达于癌间质/正常间质标本中。与整个IPI数据库中的蛋白质比对,细胞组分中42/42个GO术语为浓集表达,8/5个GO术语为缺失表达。显著改变的生物学通路及细胞组分主要包括：代谢通路、核糖体、聚合粘附等。描述统计学证实极性分子以及大分子蛋白成为生物标记的概率相同。结论通过对这些实验结果的分析,发现了新型肿瘤预后相关性生物标记并为靶向治疗方式的选择提供了可靠依据。此外,目前认为癌细胞及其间质的相互作用与癌症的发生、侵袭及预后等多个层面呈双向关系。该研究结果表明,间质细胞是肿瘤的必要组分,生物标记的发现及网络化多靶点治疗应该将肿瘤细胞本身及其相应的间质作为统一的整体进行研究。