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目的:监测2015年新生儿轮状病毒(rotavirus,RV)感染情况及流行基因型特征,分析1996-2015年20年间新生儿RV主要流行株的基因变化,探索其起源与流行,为新生儿RV的感染防治打下坚实基础。方法:收集2015年新疆维吾尔自治区人民医院新生儿科住院新生儿大便(包括腹泻和非腹泻)样本818份,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测RV,查阅病历采集一般情况和临床资料,应用SPSS17.0统计分析相关指标。提取阳性样本RV核酸,用多重RT-PCR方法进行G型(VP7)和P型(VP4)基因分型。选取保存的1996-2014年新生儿RV主要流行株及2015年新生儿RV流行株进行VP7和VP4基因测序,利用MEGA6.0软件绘制系统进化树,分析其变化及演化趋势。选取2006年新生儿RV主要流行株G3P[6]株进行11个基因片段的全基因组测序,确立其全基因组分型及起源。结果:2015年新生儿RV感染检出率为7.58%,腹泻新生儿和非腹泻新生儿RV检出率差异有统计学意义(2?=68.496,P<0.05),本年度新生儿RV主要流行基因型为G9P[6]型。系统进化分析表明1996-2003年流行的9株G2型分属两大进化簇,株间核苷酸同源性为97.7%~100%;2004-2015年流行的31株G9型也分属两大进化簇,株间核苷酸同源性为97.6%~100%;1996-2015年间流行的37株新生儿RV P[6]型分属于5个进化分支,株间核苷酸同源性为96.6%~100%。无论是G型还是P型,每年有多株同基因型病毒株在流行,循环往复。全基因组分析表明2006年流行的G3P[6]型毒株属于Wa-like基因组,具有G3-P[6]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1的基因特点,可能为婴幼儿G3P[8]株与新生儿G9P[6]株发生基因重配或突变而引起G3P[6]毒力相对增强,而致新生儿RV感染流行。结论:2015年新生儿RV主要流行基因型仍为G9P[6]型。2006年的G3P[6]株可能为人源重配突变株。新生儿RV株基因变化起伏不大,处于缓慢突变螺旋上升适存进化中,但感染长期稳定存在,需持续监测并警惕因婴幼儿与新生儿RV株混合感染而致新生儿新基因型RV感染或院内感染暴发流行。