电子商务是在计算机网络的平台上，使用电子数据传输进行的商务活动。电子支付是电子商务系统的重要组成部分，跨行电子支付是指在不同金融机构之间进行资金转移的支付活动。电子商务中大多数支付业务涉及资金从一个账户转至另一个账户或从一家金融机构转至另一家金融机构，金融机构之间必须通过专门的支付基础设施和手段来实现这种信息和资金的传递。因此，电子支付中跨行支付的安全与效率在很大程度上影响着电子商务的发展。如何利用现有的基础，建立高效、安全的跨行支付系统，推进电子支付的发展是本文的研究重点。本文从电子商务中的支付系统入手，研究了电子支付的分类和安全基础，对国内外电子商务跨行电子支付的现状进行了分析，重点以银行卡跨行自助转账系统为例，就利用银行卡实现不同银行之间的资金转移的系统设计进行讨论，分析了系统的需求、基本功能、系统结构、网络结构、信息传输格式标准、安全接口、清算和认证的实现，并对银行卡跨行支付实施的关键问题，以及银行卡跨行支付的应用前景进行了讨论。该系统的主要功能是为用户提供网上支付、ATM、电话银行等安全支付方式；在交易中提供对交易双方的安全认证方式；支持多种银行支付处理系统；把支付请求转化为银行内部支付交易；提供审计和控制信息。本文通过对电子商务中的跨行支付理论和实践两个方面的研究，讨论了我国在目前金融信息化水平较低的情况下，如何利用现有的支付体系，制定统一的技术标准，解决支付的安全、认证、清算方面的问题，实现快速、准确、安全的跨行支付，最后提出了发展我国跨行电子支付的策略，以建立中国特色的电子支付系统，迎接电子商务时代的到来。