在强调“大众创业,万众创新”的今天,企业才是推动中国创新的主力军,但是企业的研发创新积极性却往往受到创新本身溢出效应、结果不确定性和公共性的特点的制约,同时因为存在市场失灵让资源配置没有达到最优水平,所以需要政府进行干预,提供给企业一个更好的创新政策环境。而因为税收优惠政策能够更好统筹市场和企业力量的特点,它是被各国普遍采用的一种政策手段。目前中国税收制度中一共包括十八个税种,在这18个税种之中,企业所得税优惠是直接对企业的营业所得的产生影响的。同时经过2020年的抗击新冠疫情战役及两年以来对疫情的防控和习近平总书记提出的健康中国政策,新时期的中国对医药制造行业提出了更高的要求,为了应对人口老龄化趋势和未来的突发卫生问题,医药制造业的研发创新效率和成果至关重要。所以,明确地认识到中国医药制造行业企业的现状和企业所得税优惠政策对医药制造行业研发创新的影响是非常重要的,这不仅可以丰富企业所得税优惠政策在企业研发创新方面的理论研究,而且还可以对政府进一步完善企业所得税优惠政策有一定的参考价值。本文在在前两部分详细梳理总结了国内外以往的研究成果的基础上,基于市场失灵理论、内生经济增长理论和资源基础理论,分析了企业所得税优惠影响企业研发创新的理论传导机制。在第三部分通过医药制造行业2016-2020年的规模以上医药制造行业企业的数据,对医药制造行业目前的基本状况和研发创新特征进行的统计性分析,了解到中国当前医药制造业研发创新方面呈现出研发经费增长缓慢、人力投入递减和研发项目递增的特点,同时分析了中国目前企业所得税政策存在有待细化、缺少针对研发人员的优惠政策和地区差异明显的问题。第四部分通过建立面板数据模型,对选取的111家医药制造行业A股上市公司进行实证分析,得出企业所得税优惠政策对企业创新具有显著激励作用的结论,并从企业异质性和区域异质性进行了进一步分析,得出企业性质和地域对企业研发创新也有显著作用的结论。第五部分政府和企业两个层面提出了政策建议,政府层面政策建议包括;提高企业所得税优惠政策力度,细化具体行业优惠政策;提高中西部地区和北方地区企业所得税优惠政策激励效应;注重引导税收优惠政策向中小板块市场和非创业板块市场企业倾斜;制定有利于激励医药制造行业格局优化的税收政策。在企业层面提出的政策建议包括:积极利用现行的企业所得税优惠政策,完善企业本身创新体制;完善企业创新人才吸收和信息披露制度。