印度洋可培养微生物多样性和两株海洋微生物新种多相分类学研究及其基因组酯酶应用价值分析

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印度洋具有广阔的海域,是世界第三大洋,其北部封闭,南部与大西洋相连接,既具有9074米的阿米兰特海沟,又具有深海热液区等复杂地貌。印度洋地处热带和亚热带地区,同时又与南冰洋相连,此外在印度洋的北部形成了特有的季风洋流,使得印度洋具有复杂的温度和生态环境。复杂的地理、温度、湿度条件造就了印度洋微生物的多样性。为了适应复杂多变的的环境,该地区的微生物不仅需要改变自身的营养摄取方式,还需要改变其代谢途径,以便更加快速或者更加经济的进行能量代谢。因此,处于该环境中的微生物具备多种特殊的代谢酶类。以上原因,使得印度洋成为了巨大而丰富的微生物资源宝库。所以,无论从生态资源方面的保护和利用考虑,还是从工业应用前景考虑,印度洋微生物资源开发十分必要。基于中国大洋52航次和中国大洋58航次科考调查,采集获得印度洋37站的海水样品和沉积物样品。本文中,采用Marine Broth 2216培养基、寡营养2216培养基、STA培养基、酯酶培养基、褐藻胶培养基对样品进行涂布培养,共计分离获得24个科49个属的167株菌株,其中优势属为Pseudoalteromonas属。并对这些菌株进行酶学性质鉴定。通过对两个航次采集的海水和沉积物样品分离获得的菌株属的分析,发现沉积物样品和海水样品中的微生物属的差别较大,而不同海域的海水样品中微生物属的差别略小。海水样品中的优势菌株为Thalassospira属,沉积物样品中的优势菌株为Sulfitobacter属、Pseudoalteromonas属和Salinicola属。其次,本文针对大洋52航次中分离获得的新种h42T与在浙江省舟山市滩涂海水中分离获得的疑似新种ALG8进行多相分类学鉴定。这两个菌株的16S r RNA相似度达到99.72%,可以认定为同一个种的不同株。对疑似新种h42T和ALG8进行形态学、生理学、生物化学以及全基因组的研究,构建了16S r RNA基因系统发育树和基因组系统发育树,从而确立了一个新属(Suspensibacterium)和一个新种(Suspensibacterium nitratireducens sp.nov.)。最后,本文对新种h42T和ALG8全基因组进行功能基因注释,通过分析注释结果筛选获得具有酯酶功能的蛋白序列。选择公共数据库中具有蛋白晶体结构和保守氨基酸残基的酯酶作为参考数据,挑取菌株h42T和ALG8中的4种疑似酯酶蛋白进行分析。并预测了这4种蛋白的二级结构和三维结构,从而进一步推测疑似酯酶蛋白的功能。为微生物酯酶蛋白结构与功能关系的研究提供理论支持,以及为工业微生物酯酶应用于实际生产提供实践基础。
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