本研究通过分子生物学方法检测和鉴定了新疆枣疯病、苦豆子丛枝病、新疆小叶白蜡丛枝病、芦苇丛枝病、榆树丛枝病以及文冠果丛枝病等植原体病害病原。利用苯胺蓝和4’,6-二脒基-2-苯基吲哚（DAPI）染色，在荧光显微镜下观察正常及发病新疆小叶白蜡和榆树的嫩茎横切片，进一步检测验证患病植株中是否存在植原体。采用植原体16S rRNA基因通用引物对P1/P7和R16F2n/R16R2，对以上六种植物正常及发病植株总DNA进行直接和巢式PCR扩增，均得到约1.2kb大小的特异性片段，测序得到的16SrRNA基因序列进行blast比对和邻接法构建系统进化树（MEGA5.0, USA）显示,该六种植原体均与16Sr V–B亚组聚为一簇,进化地位相同,属于16Sr V–B亚组成员。RFLP分析显示，实际RFLP与虚拟RFLP酶切结果一致，说明上述六种植原体同样均属于16Sr V–B亚组成员，该结果与构建系统进化树相一致。采用植原体tuf基因序列的通用引物fTufu／rTufu对样品总DNA进行扩增，得到五条不同的约0.8kb大小的特异片段（文冠果丛枝病未扩增出）。通过核苷酸同源性比较和MEGA5.0的邻接法构建系统进化树分析结果显示，它们均与16Sr V–B亚组枣疯病植原体亲缘关系最近。该结果对其16S rRNA基因分析结果一致。采用引物对P1/P7和SR1/SR2，对植原体16S-23S rRNA基因间区序列进行直接和巢式PCR扩增。新疆枣疯病和苦豆子丛枝病得到约0.36kb大小的特异片段；新疆小叶白蜡丛枝病、芦苇丛枝病、榆树丛枝病、以及文冠果丛枝病得到约0.4kb大小的特异片段。核苷酸同源性比较显示，他们之间的同源性在94.1-99.4％，说明这六种病害是由不同的植原体菌株感染引起。以上六种植原体属于16Sr V–B亚组的不同株系。苯胺蓝和DAPI染色后，在患病新疆小叶白蜡和榆树嫩茎横切面均出现特异性荧光条带或小点。说明苯胺蓝和DAPI染色可用于新疆小叶白蜡丛枝病和榆树丛枝病植原体的检测。试验通过不同方法对新疆的六种植原体病害进行检测和鉴定，为这六种病害的防治提供技术支持与理论依据。