随着房地产市场的发展,近几年,城郊结合部越来越多地出现了小产权房。小产权房主要是指建造在农村集体土地上的房屋,由于不能取得国家土地及房管部门的权属证明,仅有乡(镇)政府或村委会证明其权属,故被约定俗成地称之为“小产权房”。小产权房的出现有着多方面的历史、经济因素,但作为一个既有现象,小产权房已成为政府亟需解决的尴尬问题。政府和专家都提出了各种各样的方法,比如严格查处、拆除重建；比如承认现状,补交土地出让金；还有就是进行土地发展权配置,让政府、村集体经济组织和个人各拥有一部分产权。这些方法为小产权房的处理提供了一定的思路,但现实的小产权房问题仍未得到有效解决。本文拟以南京地区为调查研究对象,通过运用产权与产权经济学分析、调查研究、统计分析等方法,探讨一条处理小产权房问题的新思路：将小产权房转为保障性住房。一方面,从理论分析上,根据产权理论以及《物权法》等法律法规之平等原则,顺应城乡一体化发展,小产权房所依附的集体土地应享有国有土地一样的权利,给予完整的流转权。另一方面,从具体操作上,由于小产权房问题错综复杂,蕴含了多个矛盾,且每个小产权房又有具体问题,所以操作上可以将符合规划,即符合土地利用总体规划和当地的城乡建设规划的小产权房先行转为保障性住房。最后本文还建议,应在严格制止新小产权房产生的前提下,分门别类处理现有小产权房；并尽快出台小产权房转为保障性住房的相关法律法规和政策制度,成立专门的部门处理小产权房问题等。