《国有土地上房屋征收与补偿条例》中确立的公益征收原则，将商业开发排除出行政权力能够介入的范围，有效缓解了《城市房屋拆迁条例》因商业开发进行征收所引发的社会矛盾。同时，条例对征收行为性质及征收当事人的重新界定，以司法强制执行代替行政强制执行，使征收行为走向合法化，在保护被征收人合法权益上也有了新的进展。但条例过多的框架性、原则性规定，使得实际适用过程中的效用并不明显。被普遍认为是代表新条例一大进步的司法强制执行，在具体操作过程中也面临着严峻的考验。而存在的这些问题，最终指向的将是对被征收人合法权益的侵犯。被征收人权利的保护现状如何？存在何种保护上的困境？造成这些困境的原因是什么？如何对这些问题进行完善，实现保障被征收人的合法权益的目的？本文旨在对国有土地上房屋被征收人的权利保护问题进行探讨，通过对比《城市房屋拆迁条例》与《国有土地上房屋征收与补偿条例》中在被征收人实体性权利、程序性权利上的演变，同时借鉴域外国家（地区）在保护被征收人权益的具体规定，提出完善我国房屋被征收人权利保护制度的具体对策。