麻疯树(Jatropha Curcas L.)又名小桐子、青桐木、假花生、臭油桐；为大戟科(Euphorbiaceae)麻疯树属植物。高3～4 m，多为药用栽培植物。主要分布于热带和亚热带地区，绝大多数生长在美洲和亚洲热带地区。在我国栽培或伴生于热带地区及干热河谷，种植面积较广，资源非常丰富。麻疯树种子可入药，有清热解毒、消肿散淤等作用。近年来还发现其种子具有显著的抗癌活性，且在工业用油、生物病虫害防治、新药开发等方面也具有潜在的应用价值。 ISSR(inter-simple sequence repeat)是由Zietkiewicz等(1994)提出的一种分子标记技术，用于检测SSR(simple sequence repeat)间 DNA 的差异。ISSR引物比RAPD(随机扩增多态性DNA)的引物长，退火温度更高(50℃左右)，因此ISSR具有比RAPD更高的可重复性和稳定性。近年来应用ISSR分析技术对动植物进行遗传多样性研究有相当多的报道。本文选用ISSR分子标记对分布于四川、云南、广西、贵州、海南五省的9个麻疯树自然居群的遗传多样性进行了研究，目的在于揭示麻疯树自然居群的遗传结构和遗传多样性水平，为其以后的遗传育种提供科学依据。 用10个引物对9个居群，共135个样品进行了扩增，共获得169条清晰的扩增位点，其中多态性位点164个。POPGENE分析结果表明：麻疯树种群具有丰富的遗传多样水平(多态百分率PPB=97.04％，Neis遗传多样性h=0.2357，Shannon信息指数I=0.3760)。AMOVA分析表明9个自然居群间遗传多样性出现了较大的遗传分化(Gst=0.5398)，可能与其有限的基因流(Nm=0.4667)和遗传漂变有关；而居群内有限的遗传分化可能是由于麻疯树自交、近交占主导地位的繁育方式有关。结合聚类分析，该文为麻疯树今后的遗传育种提出了一些策略。