近年来,承包地的“三权”分置制度正在逐步推行,如何通过“集体所有权”、“农户承包权”和“经营权”的相互配合,进而推动农村土地制度的良性运作成为一个问题。本文以具体的乡村为例,分析承包地制度运行过程的基本现状,并发现其中存在的问题。在集体所有权方面,存在集体土地私有化、集体所有权内强外弱的问题;在农户承包权方面,存在村民承包权得不到保障、易受经营权挤压的问题;在经营权方面,存在运行成本高、少数人垄断经营权的问题。本文认为,面对现阶段“三权”分置制度实施中存在的问题,需要我们从本源上重新进行思考,“三权”分置制度的制度内涵是什么?“三权”应该具备什么样的功能?“三权”之间的关系是什么?与法学学者相关的研究不同,本文发现,欠发达地区“三权”分置制度实施不能单独强调某一方面的权能而限制其它方面。以秦村为代表的一类村庄,“三权”分置制度的具体实施应该同时强化“三权”,而不是当前研究中的主要强调“经营权”,而忽视“集体所有权”和“农户承包权”。具体的对策体现为三个方面。第一,强化所有权的治理功能,秦村村委会存在多方面的治理优势,对维护乡村社会的秩序具有重要作用。与此同时,针对其存在的一些问题,需要厘清多个主体间的权利与义务关系,要对土地用途进行严格管制。第二,强化承包权的社会保障功能,通过优化二轮承包的相关细则,来确保农户的承包权;第三,强化经营权的经济效用功能,通过实现土地规模化经营。加大对新型承包经营主体的支持力度,来促进农业的发展。