2013年11月,在党的十八届三中全会中,中共中央文件明确提及要“加强建设中国特色新型智库”,并相应提出了关于加强中国特色新型智库的指导意见,为建设中国特色新型智库发展的打开了新格局[1]。在国家“十三五”规划纲要中明确提出了“推动建立智库联盟”。当前,我国智库联盟的发展处于初级阶段,智库联盟理论也尚未成熟。但随着联盟的发展,贯穿于规制间的空隙会逐渐放大,运行中智库联盟与智库成员间的利益划分、联盟与用户间的沟通合作等都将出现问题与矛盾。本文正是在此研究背景的基础上展开研究,首先阐述了智库、智库联盟以及治理等相关概念,总结并概括智库联盟理论、介绍了所运用到的博弈分析方法、治理理论、激励理论等;然后论证了智库联盟运行中存在的问题;接着借用博弈模型分析了智库联盟成员资源供给、联盟成员做贡献以及智库联盟与用户沟通三方面存在的问题与矛盾。最后从治理理论、激励理论等多方面探讨了适合智库联盟发展的治理结构、治理机制以及相对应的治理对策,从而破解智库联盟运行中的问题,解决联盟制度规制之下的空隙,促进智库联盟的可持续发展。