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目前商品化的口蹄疫疫苗大多是化学灭活苗，该疫苗在预防和控制乃至根除口蹄疫过程中发挥重要作用。口蹄疫灭活疫苗主要依靠体液免疫发挥作用，细胞免疫和非结构蛋白免疫的作用往往被忽视，同时灭活疫苗也存在免疫持续期短的缺点。众多科研人员认为CD4+T细胞应答在口蹄疫保护性应答中具有重要意义，并且认为免疫持续期的长短与病毒特异性的CD4+T细胞数量有一定的关联。融合口蹄疫病毒非结构蛋白2B基因后可以显著提高腺病毒载体疫苗诱导CD4+和CD8+T淋巴细胞应答的水平。在FMDV非结构蛋白上鉴定的大量的CD4+、CD8+T细胞表位，也进一步证明非结构蛋白在诱导细胞免疫方面具有不可忽视的作用。本研究利用结构蛋白相同，而非结构蛋白不同的毒株，在豚鼠和猪体内进行免疫差异分析，具体如下：(1)在豚鼠体内的免疫应答差异和保护率差异本研究选用反向遗产操作技术构建的与野生型毒株(Mya98/BY/2010)相同P1基因而非结构蛋白和前导蛋白不同的重组病毒(分别命为Re-Mya98/BY/2010和Mya98/BY/2010)作为抗原，选用相同剂量病毒液，经BEI灭活后与4种佐剂乳化制备不同的疫苗作为免疫原免疫豚鼠。利用流式细胞仪检测外周血液中CD4+T细胞和CD8+T细胞亚群的含量，ELISA方法检测豚鼠血清中抗体应答，在免疫28天时进行攻毒实验。抗原剂量相同的条件下，Re-Mya98/BY/2010和Mya98/BY/2010诱导的抗体应答之间没有显著性差异(P>0.05)。两种抗原均能诱导CD4+和CD8+T细胞应答，CD4+T细胞应答没有显著性差异(P>0.05)。Re-Mya98/BY/2010比Mya98/BY/2010更有效的诱导CD8+T细胞亚群分化。免疫Re-Mya98/BY/2010疫苗的保护率分别达到100%，83.33%，100%和50%，而免疫Mya98/BY/2010疫苗保护率仅为20%，0，17%和25%，结果表明融合了不同的非结构蛋白的重组口蹄疫病毒抗原能够诱导与保护率相关的CD8+T细胞应答。(2)在猪体内的免疫应答差异和保护率差异挑选免疫效果较好的，ISA206佐剂乳化的口蹄疫灭活疫苗进行猪体实验，采用同样的方法监测免疫猪的细胞免疫和体液免疫水平。两种疫苗的攻毒保护率都达到100%。液相阻断ELISA结果表明两种抗原在诱导抗体应答上并无显著差异(P>0.05)。Re-Mya98/BY/2010诱导更多数量CD3+T淋巴细胞分化。第7天，免疫Re-Mya98/BY/2010的实验组CD4+和CD8+T淋巴细胞含量升高，并且显著高于免疫Mya98/BY/2010抗原的实验组(P<0.05)。上述结果表明，完整的非结构蛋白可以增强猪体早期的CD4+和CD8+T细胞应答。(3)差异肽段对猪和牛淋巴细胞刺激差异分析我们合成了非结构蛋白上的28条差异肽段，利用基于CFSE的淋巴细胞增殖实验探讨造成免疫差异的原因。实验发现：Re-Mya98/BY/2010与Mya98/BY/2010前导蛋白上2-11氨基酸和3D上2001-2014位氨基酸具有刺激猪源淋巴细胞增殖的作用，前导蛋白上2-11位氨基酸和3A上1493-1510位氨基酸具有刺激牛源淋巴细胞增殖的作用。位于前导蛋白、3A、3D上的多肽刺激猪源或牛源淋巴细胞增殖的比率与其他多肽具有极显著差异(P<0.05)。用前导蛋白上的2-11的肽段免疫FMDV致敏的猪，发现该多肽都能刺激猪外周血中CD8+T细胞亚群分化。结果表明在两种口蹄疫病毒抗原前导蛋白和3A上可能存在具有差异性的T细胞表位。本实验结果表明，重组的口蹄疫病毒能够诱导较高的体液免疫和细胞免疫，进一步说明非结构蛋白在诱导免疫应答方面具有显著的作用。包含流行毒株衣壳的重组口蹄疫疫苗能诱导保护性免疫应答，具有应用于口蹄疫免疫防控的前景。