习惯的司法运用问题是一个非常重要的课题，它契合了当前对于法院工作要实现审判的法律效果和社会效果统一的要求，体现了法理和情理在司法领域的融合，外来法律制度和本土资源的融合。当前日益增长的农村土地纠纷案件,由于涉及的利益重大,当事人往往表现的情绪激烈,非理性的表达自己的诉求,直接影响社会稳定。人民法院在审理农村土地纠纷案件时处理的方法是否得当对于促进农村土地的合法高效流转起着重要的作用。在审判实践中,经常遇到一些农村土地纠纷案件,依法裁判不止不能解决问题，反而会激化矛盾，原因在于法律的规定与当地的民间习惯难以找到利益的平衡点。法律是社会调控的手段之一，法官作为职业性群体，必然遵循国家的法律规定断案，追求自身法律知识系统的构建和完善，但是法官也来自群众，也是在以礼法为本位的社会中生存的一员，他的裁判不仅受自身价值观念的评判，也需接受社会的审视和责难。本文从本课题的研究背景和意义入手，首先对农村土地纠纷案件的相关理论进行了概述，对农村土地纠纷案件的类型和农村纠纷案件的特点进行了详细的阐述，并且详细分析了农村土地纠纷案件产生的原因，最后论述民间习惯运用于农村纠纷民事审判的程序调试对策和建议。