1999年，按照分类改革的要求中央级农业科研单位被机械地划分为非盈利、拟转企和农业事业单位，这些不同性质的农业科研单位在获得国家财政支持时大相径庭，与农业院校和地方农业科研单位相比，财政保障的程度有明显差距。中央级农业科研单位改革虽实行多年，但仍未捋顺，财政投入仍欠严谨和科学，导致需要财政大力扶持的中央级农业科研单位运行困难，陷入改革与挣扎的困境，严重影响和制约了农业科研资源的效力发挥和科技贡献率的提高。面对我国在21世纪前期全面建成小康社会、实现强国富民“中国梦”的发展际遇和我国农业发展面临的巨大挑战，如何建立科学的保障性经费的财政投入机制，充分调动和发挥中央级农业科研单位的优势和潜力，是具有重要的理论和现实意义的命题。本文以经济增长理论、公共产品理论、政府公共选择理论和公共投资优化配置理论为指导，利用文献分析和典型调研法分析了我国农业科研经费投入的现状和投入体制和机制问题；运用定性分析和定量分析相结合的方法确定了保障性经费的最佳投入比例，研究了农业科研经费如何保障和保障多少的问题；采用函数分析、实证分析与规范分析相结合的方法预测了未来十年我国中央级农业科研单位保障性经费的需求数量，并对其三类保障性经费即机构运行费、基本科研业务费、修缮购置专项的需求数量和构成做了详细测算。本文系统地对中央级农业科研单位保障经费需求数量进行了量化研究，并基于未来我国农业发展需要达到的科技贡献率构建模型和测算三院财政投入的保障性经费需求数量，在此基础上对保障性经费的三项组成分别进行了研究。通过研究发现，三院公用经费严重短缺，人员经费次之，四年来公用经费缺口在财政投入的十倍左右，人员经费缺口在财政投入的二倍以上。财政投入结构失衡，竞争性经费占比太大严重影响了农业科研的连续性和稳定性。根据测算，保障性经费和竞争性经费的比例最好控制在6:4。中央级农业科研单位作为从事全国重大的农业基础科学研究、为社会提供公益产品和提升农业科技创新能力的国家队，其公益性定位必须明确和加强，而加大财政投入，充足保障中央级农业科研单位的经费需求，能够大力夯实农业科研基础研究，为解决我国农业生产中重大的共性问题，最终推动农业产业化进程有着重大意义。通过上述研究，也可为中央级农业科研单位获得充足有效的财政保障提供理论依据，为国家简化投资渠道、长效稳定地支持农业基础研究提供可行性方案。