近年来,党中央、国务院和各级党委、政府一直把“三农”工作放在重中之重,财政支农资金在类别上、总量上都在不断增加,对促进我国农业和农村发展发挥了积极作用。特别是2004-2013年以来,财政投入“三农”力度不断加大、强农惠农政策进一步强化,机制创新取得新突破,基本公共服务均等化进程不断加快,支农成效更加显著,农村农业取得较快发展、民生问题逐步得以解决。根据中央政策变化和云南省农业发展具体情况,云南财政预算安排用于“三农”的各项支出呈逐年增加态势。党的十八届三中全会对于全面深化改革进行了安排部署,把财税体制改革放到了极其重要的位置。作为财税体制中的重要环节,财政支农资金普遍存在资金管理多头、投入分散、效益较低等现象。本文利用定量分析和定性分析相结合,实证分析和规范分析相结合,理论分析和实证研究相结合,总量分析和结构分析相结合,加上文献查询方法等方法,通过对当下云南省财政支农资金整合的研究,发现既有体制下财政支农资金管理权限的划分极为分散、部门资金来源的分散和交叉重复并存、资金受益地区的分散和交叉重复并存、资金支出缺乏必要的论证、监督和管理等一系列问题。通过对云南省财政支农资金效率的模型分析,提出财政支农资金整合的对策,力求为下一步改革提供意见,为提高当地政府提供公共产品的效率及财政支农资金使用效率,建立云南现代财政支农体系提供参考。