侦查办案作为消耗刑事资源最多的调查环节,适用认罪及认罚从宽制度拥有着许许多多的益处,如有利于及时打击犯罪、发现案件真实、节约诉讼资源以及化解社会矛盾等等益处。然而受现行法律框架、制度等的局限和制约,Y区侦查阶段适用认罪认罚从宽制度在实践中暴露出许多问题。为了确保公正和提升效率,需通过对Y区侦查阶段适用认罪认罚从宽制度的详细情况进行实证调查分析,找出症结,有的放矢,以期防范虚假供述、冤假错案的发生和进一步发挥侦查机关适用的积极性。当前,Y区侦查阶段适用认罪认罚从宽制度所面临的挑战,主要有五点:第一,侦查阶段认罪认罚从宽制度告知单一。告知义务是刑法司法的基本价值理念,也是犯罪嫌疑人诉讼权益的基本保障。但在Y区侦查实践中告知确是过于单一,难以保障有效告知的要求,让犯罪嫌疑人达到明智的标准,即明知和理性的标准。第二,犯罪嫌疑人认罪认罚后适用非羁押强制措施存在着障碍。犯罪嫌疑人认罪认罚后,社会危险性降低,符合条件的应当适用非羁押强制措施,这既是保障犯罪嫌疑人人身权益的需要,也是激励犯罪嫌疑人侦查阶段选择认罪认罚的举措,但由于侦查机关传统的办案司法理念以及民众对非羁押强制措施误解的舆论环境,犯罪嫌疑人难以在认罪认罚后获得及时的从宽刑事强制措施。第三,侦查机关保障值班律师的有效帮助不足。值班律师的有效帮助对防止犯罪嫌疑人违背真实意愿做出虚假供述起到重要帮助和监督作用。现阶段Y区值班律师的有效帮助流于形式,侦查机关未能起到主动保障引导值班律师发挥实质有效的法律帮助作用。第四,认罪认罚的认定存在争议。认罪认罚的准确认定对犯罪嫌疑人是否符合从宽条件,起到决定作用,在Y区司法实践中,指导意见过于宽泛,难以直接适用和解决新挑战,不利于发挥侦查机关适用认罪认罚从宽制度的积极性以及保障犯罪嫌疑人诉讼权利。第五,侦查机关和公诉机关衔接机制不畅。认罪认罚从宽制度的高效和准确的适用离不开侦查机关、公诉机关、审判机关的密切配合,侦查阶段适用认罪认罚从宽制度的高效实施同样需要侦、诉机关的沟通衔接。但在Y区中,侦、诉机关之间功能定位复杂、缺乏互信,未能建立起便于沟通协调和加强监督防范认罪认罚虚假供述的衔接机制。完善Y区在侦查阶段适用认罪认罚从宽制度的具体路径,理应详细释明认罪认罚告知,做好认罪教育工作。建立认罪认罚与取保候审联动机制,降低认罪认罚审前羁押,建立侦查机关与值班律师衔接机制,保障值班律师有效参与。细化侦查阶段认罪认罚规则,形成阶梯式的从宽量刑机制,加强侦诉衔接,防范冤假错案发生,使侦查阶段适用认罪认罚制度能够真正实现公正与效率相统一。