森林生态系统健康的研究已经成为热门研究方向之一，当前人们对森林生态系统的研究主要集中在林木及其林下植被上，而对其不同生态环境中相关微生物的研究却很少。本研究对三峡库区云阳县马尾松天然林、次生林和人工林三种森林类型不同生态环境下微生物数量及优势种群进行了分析,结果如下：　　1.空气真菌数量及优势种群变化规律　　马尾松天然林、次生林和人工林三种森林类型秋季和夏季空气真菌的数量较多，春季和冬季较少，四季真菌的数量高于细菌，次生林空气真菌的数量高于天然林和人工林。在同一森林类型中，空气真菌优势种群部分相同，不同森林类型空气真菌优势种群基本不同。空气真菌以青霉属、曲霉属、拟青霉属和核盘菌为优势种群。　　2.树皮表面微生物数量及优势种群变化规律　　马尾松天然林、次生林和人工林三种森林类型夏季和秋季树皮表面细菌和真菌的数量较多，春季和冬季较少，四季细菌的数量高于真菌，次生林树皮表面微生物数量较多，天然林和人工林次之且差异不大。在同一森林类型中，树皮表面细菌和真菌的优势种群部分相同，不同森林类型树皮表面细菌和真菌的优势种群不同。树皮表面微生物以假单胞属、枯草芽孢杆菌、奈瑟氏属、青霉属和曲霉属为优势种群。　　3.叶面微生物数量及优势种群变化规律　　马尾松天然林、次生林和人工林三种森林类型夏季和秋季叶面细菌和真菌的数量较多，春季和冬季较少，四季细菌的数量高于真菌，次生林叶面细菌和真菌的数量明显高于天然林和人工林。叶面细菌和真菌的优势种群不随季节和森林类型的改变而变化，只是其百分含量不同。叶面微生物以假单胞属、粘质沙雷氏菌、曲霉属和拟盘多毛孢属为优势种群。　　4.土壤微生物数量及优势种群变化规律　　马尾松天然林、次生林和人工林三种森林类型土壤细菌（芽孢杆菌）和真菌的数量及优势种群的变化较复杂，土壤细菌和真菌的优势种群在不同的季节和森林类型只有部分相同，相同的优势种群其百分含量也不同。土壤微生物以芽孢杆菌属、假单胞属、曲霉属、青霉属和核盘菌为优势种群。