区域经济系统是由多个经济要素构成的复杂系统。区域经济系统协同发展是经济发展的客观发展趋势和规律。正确认识这一系统发展的趋势和规律，准确把握其协同发展的基本条件及主要特征，科学运用其协同发展的基本原理和运行机制，是加快转变经济发展方式、推动经济增长由政策刺激向自主增长有序转变、保持经济平稳较快发展的内在要求，是实现全面协调可持续发展的重要保障。本论文从系统科学特别是协同学的视角出发，研究区域经济系统的发展问题，界定了区域经济系统协同发展的概念，揭示了区域经济系统协同发展的基本原理，概括了区域经济系统协同发展的基本条件及主要特征，探索了区域经济系统协同发展的运行机制，初步构建了区域经济系统协同发展的评价指标体系。全文主要分为六个部分，第一章相关支撑理论、第二章区域经济系统协同发展的涵义和意义、第三章区域经济系统协同发展的基本原理、第四章区域经济系统协同发展的运行机制、第五章区域经济系统协同发展的评价指标体系、第六章吉林省区域经济系统协同发展的状态评析。区域经济系统的协同发展，是区域经济系统在一定条件下，通过调节控制各个经济要素的独立运动以及要素之间的关联运动，使经济要素之间的关联支配各个要素的独立发展，达到经济要素之间相互配合、相互协作的发展态势；进而主导整个区域经济系统的发展趋向，使整个区域经济系统由旧结构状态发展变化为新结构状态；从而实现经济要素合乎规律发展、区域经济系统内部与外部互惠共赢发展、区域经济社会全面协调可持续发展。区域经济系统的协同发展，既反映了区域经济系统各个经济要素之间的协同，又反映了各个经济要素之间相互作用所形成的各种联系的协同，是区域经济系统内部经济要素之间的各种联系竞争与合作的辨证统一。在区域经济系统演化发展过程中，协同的出现和发挥作用是有一定条件的。当条件具备的时候，区域经济系统就会呈现出的协同发展态势，并且，这种态势是不会以人的意识为转移，必然地出现和坚定地发挥作用。区域经济系统的开放性，系统内各个经济要素的差异性及其发展的不平衡性，各个经济要素联系的无障碍性等是区域经济系统协同发展的基本条件。区域经济系统协同发展的过程是一个从初级协同到高级协同的过程。经济要素协同合作原理是初级协同原理，经济要素利益关系协调原理是高级协同原理，初级协同原理和高级协同原理是区域经济系统协同发展的基本原理。区域经济系统各个经济要素之间的利益关系，以及区域经济系统与区域外部之间的利益关系，是区域经济系统演化发展的根本关系，不处理好这些利益关系，区域经济就不能实现协同发展。从利益关系入手，正确揭示区域经济系统发展的一般过程，准确把握区域经济系统发展中序参量的作用，紧紧抓住区域经济系统的主要利益关系，通过都市研发极点协调好区域经济系统各种利益关系，并通过实施大区域战略、构建多层次经济贸易载体、设立开发区或工业集中区载体，科学运行过程机制、动力机制和保障机制等，加速区域经济系统协同发展的实现。本论文选取了产业结构、公共政策与服务(政府)、技术创新、自然资源与环境四个一级指标，17个二级指标，构建了区域经济系统协同发展的评价指标体系，并对吉林省区域经济系统协同发展的状态进行了初步评析。