目的:高通量测序技术在癌症研究与临床上的应用越来越被人们所重视。种类繁多的测序技术与工具也层出不穷。目前有大量的癌症样本的高通量测序数据涌现。选择合适的数据分析流程才能对测序数据背后的生物学信息和意义做出正确的理解和判断。扩增子测序技术是一项非常重要的测序手段。该方法具有高效率、高靶向、高覆盖度、高灵活性、低成本等多个优势。为了快速准确的研究大量的扩增子测序数据,需要建立一套合适的数据分析流程。方法:基因组标准品被广泛使用于测序技术的基准化检测。我们使用中华一号基因组标准品混合制备了五种测序样本,使用这五种标准品测序样本对分析流程的优劣进行评估。主要通过已知的高置信SNV计算检测结果的灵敏性、精确率和F1-score,选择基因突变检测软件并调整基因突变检测软件的参数。结果:我们用中华家系一号基因组标准品的F7和M8按照1:1、1:3和1:9的比例进行混合,得到F7、M8、1:1(F7/M8)、1:3(F7/M8)和1:9(F7/M8)共五种样本。使用我们的数据分析流程对高置信SNV进行检测,结果精确率分别为62.87%、61.06%、69.21%、62.29%、65.17%,平均值为64.12%;灵敏性分别为84.40%、82.05%、75.16%、77.30%、79.43%,平均值为79.67%。结论:我们的数据分析流程完全可以应用于癌症的扩增子测序数据的分析。我们对40个甲状腺癌症结节样本进行了基因突变检测,能够很好的帮助我们理解和研究甲状腺癌。