作为高技术产业的重要组成部分，伴随着经济的迅速发展、技术的快速进步以及人类对健康需求的逐渐提高，医药制造业得到迅速发展。我国三大经济圈医药制造业发展状况良好，高于全国平均水平，创新活跃程度突出，在我国医药制造业的发展上起了很好的带动作用。因此，以三大经济圈的十省市为例研究中国医药制造业的技术创新状况具有很好的代表性。　　本文首先回顾梳理了与技术创新效率相关的经济理论及其测度方法。针对医药制造业的行业特点，从理论的角度分析了技术创新效率的影响因素。参考并借鉴前人对技术创新效率进行测度的评价指标体系，将技术创新投入和产出设为输入和输出指标，构建一套适合本文研究内容的技术创新效率评价指标体系，并利用这个评价指标体系使用DEA方法测度了该行业技术创新的静态效率，分别对三大经济圈十个省市2013年的技术创新效率进行测度和评价。再依据三大经济圈2003-2013年的数据运用Malmquist指数方法进行技术创新效率的动态测度，从年度动态变动、各省份动态变化、三大经济圈动态变化三个方面解释分析。在理论研究和对创新效率进行测度评价之后，采用面板数据运用随机效应回归模型研究了三大经济圈医药制造业技术创新效率的影响因素，实证分析R&D资本投入强度、研发人员投入强度、行业成长能力、市场竞争程度、外商投资比重、政府支持力度六个因素的影响程度。最后，根据对三大经济圈创新效率的实证研究，提出促进医药制造业发展和提升技术进步的建议。在对三大经济圈医药制造业技术创新效率影响因素的实证研究基础之上，本文得出结论：R&D资本投入强度、研发人员投入强度、企业成长能力、外商投资比重均有助于推动技术创新效率的提高；市场集中度和政府支持力度对技术创新效率的影响并不显著。因此，对于我国医药制造业，应建立有效的投入机制，优化R&D投入结构；充分发挥研发人员效用，减少人力资源闲置；规模和效率并重，提高产业集中度和规模效率；强化引进外资管理，统筹对外开放和市场保护；政府适度干预企业，强化企业创新主体地位。