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禽致病性大肠杆菌（APEC,Avian Pathogenic Escherichia coli）是一种能引起鸡、多种水禽和其他鸟类肠外感染的致病性大肠杆菌。目前APEC的多重耐药情况愈来愈严重,尤其是出现了对合称为抗革兰氏阴性菌感染“最后一道防线”的碳青霉烯类抗生素和多粘菌素耐药的APEC,给临床治疗带来了极大的挑战。1、苏北及周边地区和广西地区水禽源APEC的分离鉴定及耐药性研究本实验室于2018年～2019年对江苏北部及周边地区228份水禽病料进行了细菌分离和鉴定。并对分离到的苏北地区的APEC及本实验室保存的从广西地区分离到的69株APEC菌株采用K-B纸片法进行药敏试验;同时对其耐药基因,包括碳青霉烯类、β-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类、粘菌素类、喹诺酮类、四环素类共计17种耐药基因,进行了 PCR鉴定。结果显示,在苏北地区分离到的细菌中,共鉴定出50株APEC菌株。药敏试验结果显示苏北及周边地区APEC分离菌株对四环素、氨苄西林、氟苯尼考的耐药性较高,分别为100%、96%、86%,多重耐药性较严重,耐4、5、6、7种抗生素的现象较普遍。APEC分离菌株对呋喃妥因、丁胺卡那霉素较敏感。在β-内酰胺类的耐药基因检测中,blaTEM、blaCTX-M、blaSHV的检出率分别为58%、60%、20%;广西地区药敏试验结果显示,分离株对氧氟沙星（56.5%）、恩诺沙星（69.6%）、氟苯尼考（79.7%）、氨苄西林（91.3%）、四环素（98.6%）的耐药率较高,而对美罗培南、丁胺卡那霉素、呋喃妥因均不耐药。本试验通过药敏试验和耐药基因检测表明分离到的APEC耐药情况严峻,多重耐药现象严重,可为养禽场临床用药提供参考依据。2、水禽源APEC的NDM基因的鉴定及特性分析碳青霉烯类抗生素（包括美罗培南）被认为是治疗革兰氏阴性细菌感染的“最后一道防线”。虽然碳青霉烯类抗生素禁用于兽医临床,但近几年已有研究人员从动物中检测到了blaNDM基因,这给人类健康带来了严重的威胁。本研究在第二章的耐药性研究中发现两株APEC对美罗培南耐药,检测其耐药基因发现两株APEC都含有NDM（New Metallo-β-Lactamase）基因,进一步经改良Hoge试验验证该两株菌均产碳青霉烯酶;再对它们进行全基因组测序分析后发现EC162携带blaNDM-1基因,EC171携带blaNDM4基因;接合实验表明blaNDM-4基因存在于质粒中,可以转入受体菌EC600中。因EC162携带利福平抗性,因此未对其进行接合试验。对EC171进行全基因组测序分析,通过生物信息学检测表明EC171属于ST156型,D组,血清型为O33H31,除了blaNDM-4,该菌还携带15个其他耐药基因;对EC162进行全基因组测序分析,结果表明EC162属于ST5869型,血清型为O171H23,除了blaNDM-1,该菌还携带19个其他耐药基因。碳青霉烯类抗生素禁止使用于动物,目前对NDM耐药的研究主要集中在其他类型的大肠杆菌上,因此对APEC特别是水禽源APEC的碳青霉烯类抗生素耐药的研究将增加我们对动物源携带和blaNDM-1和blaNDM-4基因耐药菌株的了解。3、水禽源APEC的MCR-1基因鉴定及特性分析多粘菌素被认为是治疗碳青霉烯类抗生素耐药菌株的最后“特效药”之一,其耐药菌的增加给临床治疗带来了极大挑战。这些多重耐药性（MDR,Multi-Drug Resistance）细菌的出现对公共健康构成了严重风险,并造成了严重的感染和死亡。在本研究的第二章中鉴定出了 10株携带mcr-1（Mobile Colistin Resistance）基因的APEC,以及本实验室保存的山东源的11株mcr-1阳性APEC,共计有21株mcr-1阳性APEC。对这21株APEC进行了多粘菌素MIC的测定,根据CLSI标准,结果表明21株APEC均对多粘菌素耐药;采用利福平耐药的EC600作为受体菌,对21株APEC进行了接合转移实验,成功转移了 14株APEC;对21株APEC进行了全基因组测序分析,结果显示21株APEC具有多种不同的ST型和血清型,其中ST93型、ST349型、ST448型 APEC;O166H15 型、O8H8 型、O21H52 型 APEC 占优势;在 21 株 mcr-1 阳性 APEC中发现了携带 IncHI2（12/21）、IncX4（10/21）、IncI2（4/21）这 3 种与 mcr-1 基因传播相关的质粒类型。本研究对江苏、安徽、山东、广西的部分地区地区进行了mcr-1基因的流行病学的调查,为研究携带mcr-1基因的APEC的多样性提供了参考价值,丰富了mcr-1基因的传播数据。4、耐药性APEC噬菌体的分离及特性分析随着多重耐药菌的增长,抗生素治疗细菌感染变得困难重重。噬菌体可以特异性的杀死宿主菌并对其它微生物没有毒性,有望成为较好的抗生素替代品。本研究对这些耐药菌进行了噬菌体的初步分离工作,采用双层平板法从养殖场污水中筛选噬菌体,筛选到了 1株mcr-1阳性APEC（EC338）的噬菌体。后续将对噬菌体的特性展开研究,以期能将抗生素和噬菌体联用用于治疗发病动物,也可单独使用或与抗生素联用,用于多重耐药菌的预防和治疗。