论文部分内容阅读
第一部分TIM-3基因-1516、-574、4259单核苷酸多态性及连锁不平衡分析目的调查T细胞免疫球蛋白粘蛋白-3(T cells immunoglobulin mucin–3,TIM-3)基因-1516、-574、4259单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms , SNPs)的发生频率及是否存在连锁不平衡(linkage disequilibrium , LD)关系。方法采用等位基因特异性聚合酶链反应(Allele-specific polymerase chain reaction ,AS-PCR)方法对湖北地区147名健康个体TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs位点进行基因分型,应用软件Arlequin V3.1对3个SNPs位点进行LD及Hardy-Weinberg平衡分析,并计算单体型频率及单体型组成。结果3个TIM-3基因SNP位点等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。湖北地区147名正常个体TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs的次要等位基因发生频率分别是8.5%、1.0%、2.0%。TIM-3基因3个SNPs主要组成4种单体型: G-G-G,G-G-T, T-G-T,G-T-T;其频率分别为2.0%、88.4%、8.5%,1.0%。通过对这3个SNPs位点两两间进行LD分析,发现所有的连锁不平衡系数D′( coefficient of linkage disequilibrium, D′)值都为1。结论湖北地区人群TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs位点呈完全连锁不平衡。我们研究结果提供了中国湖北地区汉族人群TIM-3基因这3个SNPs的群体遗传学资料,并且为寻找与免疫介导性疾病相关单体型奠定基础。第二部分湖北汉族人群TIM-3基因单体型与变应性哮喘的相关性目的分析湖北汉族人群T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3(TIM-3)启动子区-1516G/T和外显子3区4259G/T单核苷酸多态性(SNPs)及其连锁不平衡(LD)关系,探讨其构成的单体型与支气管哮喘(简称哮喘)易感性之间的关系。方法采用等位基因特异性聚合酶链反应(AS-PCR)检测我们于2004年6月～2007年10月收集的湖北汉族人群中175例哮喘患者(哮喘组)和202名健康者(健康对照组)TIM-3 -1516 G/T和4259 G/T的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率,两位点间的连锁不平衡系数(D′)值及单体型频率。结果TIM-3基因-1516G/T基因型GG、GT和TT在202名健康对照组中分布频率分别为82.7%(167/202)、17.3%(35/202)、0(0/202),在哮喘组中分布频率分别为82.9%(145/175)、17.1%(30/175)、0(0/175);TIM-3基因4259G/T基因型GG、GT和TT在202名健康对照组中分布频率分别为0.5%(1/202)、2.5%(5/202)、97.0%(196/202),在哮喘组中分布频率分别为0.6%(1/175)、5.7%(10/175)、93.7%(164/175)。对照组D′值为1.0,哮喘组D′值为0.9。湖北汉族人群存在3种单体型(G-G、G-T、T-T),这3种单体型频率在健康对照组分别为1.7%(7/404)、89.6%(362/404)、8.7%(35/404),在哮喘组分别为3.4%(12/350)、88.0%(308/350)、8.6%(30/350);G-G、G-T、T-T这3种单体型与哮喘易感性无相关(χ2分别为2.15、0.47、0.003,P均>0.05)。结论TIM-3基因-1516G/T与4259G/T之间存在紧密连锁不平衡关系,G-G、G-T、T-T与哮喘易感性无相关。但不排除是否与其他种族人群中哮喘易感性相关或与其他过敏性疾病和自身免疫性疾病的易感性相关。第三部分长距离等位特异性PCR法直接分析TIM-3基因-574、4529两位点分子单体型目的建立一种新的分子单体型分析方法,用来直接分析相隔数kb的两个或者多个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms ,SNPs)构成的单体型。方法采用长距离等位基因特异性聚合酶链反应(long-range allele-specific polymerase chain reaction, LRAS-PCR)对中国湖北地区130名健康个体T细胞免疫球蛋白粘蛋白-3 (T cells immunoglobulin mucin–3,TIM-3)基因-574T/G、4259G/T两个SNPs进行单体型分析。结果成功分析TIM-3基因单体型,TIM-3基因单体型主要由T-T、G-T、G-G 3种构成,未见T-G单体型。结论成功建立一种新的基于长距离等位基因特异性PCR的分子单体型分析的方法,并准确对TIM-3基因进行单体型分析。