棉花作为我国的战略物资具有重要意义。棉花生产直接关系到我国一亿多棉农的收入，影响着十多个主产省份的经济发展与我国纺织行业的国际竞争力，最终涉及到国民经济的发展。本文研究目的是通过分析十三个主产省份棉花生产的比较优势，为政府优化棉花生产布局，提高我国棉花生产的比较优势提供理论参考。 本文采取了定性与定量相结合的方式，对1990-2006年中国三大主产棉区域生产优势进行了分析。以比较优势理论为主要依据建立分析理论框架，选取三个定性与三个定量指标来综合分析各区优势分别是：生产效率比较优势系数、规模效率比较优势系数、成本收益分析、自然资源优势、质量优势与抗风险能力优势。在分析的基础上提出主产棉区的发展重点、调整方向等相关的对策建议。本文的研究结果如下： 1．从生产效率比较优势系数来看，西北内陆有绝对的优势，新疆、甘肃的单产水平一直都高于全国平均水平，长江流域处于生产劣势，黄河流域不具有明显优势。 2．从规模效率优势方面分析，西北内陆棉区仍然具有明显的规模效率优势，而长江流域处于弱势，黄河流域次之。 3．从生产成本收益分析来看，西北内陆棉区成本收益率最差但绝对收益值最大，黄河流域成本收益最高，长江居中。 4．从生态环境考虑，各棉区均有不同特点。综合来看新疆日照充足，土地平坦最适合棉花的生产。 5．从质量方面来看：在全国棉花质量居世界中等水平的情况下，西北内陆棉区的棉花各项指标均在全国领先地位，质量相对最好。黄河流域居中，长江流域较差。 6．从抗风险能力来看：西北内陆具有明显的抗风险能力优势，长江流域处于弱势，黄河流域能力居中。 造成各区优势所在的原因是多方面的，主要与区域的自然、经济、技术、政策、市场等因素有关，同时研究表明，我国棉区的变迁与我国各区优势变化直接相关但也受市场、政策等影响。 根据我国棉区现行各比较优势分析调整方向为：加大黄河流域棉区的面积。在提高新疆棉花单产的基础上利用荒垦土地潜力增加棉花种植面积，争取达到两增的目的。长江流域潜力是三区中最大的一个，在稳定面积的基础上加大技术力量提高抗风险能力、生产效率等以达到收益最大化的目的。要实现棉花生产的可持续发展，新疆地区必须走节水、提高效益、减少单位成本的路，黄河流域必须提高棉花质量、扩大单产，长江流域当务之急是提高农民种植棉花的积极性、提高棉花质量、提高单产。除此外本文还陈述了我国加入WTO后面对棉花生产的机遇与挑战，并结合以上各区比较分析，为加强我国棉花生产优势，减少棉花生产的自然和市场风险提出了相应的对策建议：加强宏观调控力度，建立相应的法律法规保障农民权益，建立信息平台加强市场联系度，在世贸组织允许的范围内实行黄箱、绿箱补贴，建立中国农业保险制度和建立棉花生产风险基金，提高棉农积极性等。