蛋白质组学是研究基因组表达的所有蛋白质的一门学科，是后基因组时代组学研究中的重要组成部分，在不同交叉领域均取得了非常重要的成果。枯草芽孢杆菌作为重要的革兰氏阳性菌模式生物，不仅在基础生物学领域有重要的应用，同时也是非常重要的工业微生物。因此，本文尝试利用蛋白质组学研究方法对基因工程改造后的枯草芽孢杆菌和原始菌株进行差异研究。　　 本实验使用经典的蛋白质组学研究方法(二维凝胶电泳)对两株菌进行全蛋白质组分析。具体使用的实验技术有：样品制备技术；二维凝胶电泳分离技术；凝胶染色技术；图像分析技术；质谱鉴定技术和生物信息学相关技术。　　 实验得出了两株细菌的蛋白质表达谱，并且着重对产核黄素的相关代谢途径进行差异蛋白质组分析，得到了部分重要代谢途径相关信息，用于菌种下一步改造。具体结果为：　　 (1)使用凝胶电泳分离方法共鉴定出840个蛋白质点，分别由542个基因编码。其中83个蛋白质出现两倍以上下调，75个蛋白质出现两倍以上上调，其余蛋白质变化均在两倍之内。　　 (2)本实验从蛋白质组学角度验证了枯草芽孢杆菌核黄素代谢相关改造的结果，得到了相关蛋白质表达的具体数据。　　 (3)本实验重点分析了核黄素代谢相关的几个途径，从糖酵解开始一直到核黄素合成，通过将关键酶表达情况与代谢途径相结合，得出下一步菌种改造方向应为提高菌体合成RNA、蛋白质和利用碳源的能力，并且在几个特定位点上进行改造，以加强核黄素生成途径中几个限制性位点，最终有利于核黄素的合成。