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为了定位牛6号常染色体（BTA6,Bos Taurus Autosome 6）上影响产奶性状的QTL,分别利用了14个已知微卫星检测了2650头荷斯坦奶牛基因组样品的基因型。微卫星基因型的判定依据了荧光引物-PCR结合ABI377测序仪荧光电泳扫描及GENESCANTM3.0-GenotyperTM2.5软件分析技术。为了确认原登记系谱的可靠性,又根据个体的微卫星基因型进行了个体所在亲子关系的鉴定。鉴定结果保留了2356头母牛,分别隶属于26头公牛的女儿,每头公牛的女儿数在35到195不等,也就是本实验采用的是女儿设计。另外由于产奶性状的表型记录中存在着重复记录,这会不便于下一步的QTL定位软件分析,所以对11,055条记录（至少包含5个测定日）利用了MT-DFREML软件进行表型性状的育种值估计。由此,我们将针对中国荷斯坦奶牛进行首次大规模的QTL定位统计分析。 对305天的产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率5个产奶分性状的QTL定位,本研究主要依据了两种方法:基于线性回归的QTL Express分析和基于方差组分分析的MQREML方法。利用QTL Express进行26个公牛家系间的单QTL分析时,发现作用着产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳脂率四个性状的QTL均定位在标记BMS470位置,其中作用乳脂量的QTL是达到0.05的实验显著水平。作用乳蛋白率的QTL则定位在标记BMS2460附近。这些OTL的效应分别在8个不同的公牛家系中达到了显著（P<=0.05）。对应这些显著家系进行相关性状的进一步QTL定位分析,这时26个家系间分析所估计的QTL均得到了验证,并且分别达到了0.01或0.05的实验显著水平。只是在进行乳脂量性状QTL分析时,发现标记BMS1242位置的QTL检验统计量非常接近BMS470位置上的,也很高。 由于MQREML涉及到的统计算法计算量的有限,所以该方法只是利用QTL Express检测到的显著家系进行有关性状的QTL定位分析。结果发现:对于其中的3个量性状,均能检测到QTL显著存在（P<=0.02）;但是对于2个率性状却没能检测到,并且区间定位的最大检验统计量对应的位置还发生了变化。3个量形状中,有关产奶量和乳蛋白量的QTL依然定位在BMS470附近,但乳脂量的却定位在BMS1242附近。 除了单QTL分析外,本研究还利用了两种方法进行了双QTL的检测,结果均得出有两个QTL分别在作用着3个量性状（P<0.05）。而对于两个率性状,要么只有一个QTL存在,要么是一个都不存在。另外,本研究所用到的标记间重组率信息分别来源于牛的两张不同的MARC遗传连锁图谱。定位结果的最大区别是集中于标记BMS1242和BM143位置附近,主要是QTL检验统计量的变化,进而引发了QTL置信区间的改变。参照其中的MARC97图谱并结合MQREML分析时,本研究是将作用于3个量的QTL分别定于4-5cM的置信区间内,这无疑会给下一步的精细定位和位置侯选克隆工作打下很好的基础。