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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome, PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome virus, PRRSV)引起的一种危害全球养猪业的病毒性传染病。目前,在我国猪群中经典毒株、高致病性毒株和类NADC30毒株等美洲型PRRSV以及欧洲型PRRSV同时存在,导致国内PRRS流行状况十分复杂。为掌握我国PRRSV的流行状况及其遗传变异特点,本研究对2008-2015年间在国内分离的61株PRRSV毒株进行全基因测序和序列比对,并对主要易变区Nsp2、GP5、GP3蛋白进行分析。全基因分析结果显示,61个毒株中有5个欧洲型PRRSV和56个美洲型PRRSV。56个美洲型PRRSV中有2个类NADC30 PRRSV和54个高致病性PRRSV。54个高致病性PRRSV分离株之间的同源性为95.2%-99.9%,与高致病性PRRSV代表毒株JXA1的同源性为97.2%～99.3%。2个类NADC30分离株之间的同源性为99.9%,与类NADC30 PRRSV代表毒株NADC30的同源性为95.4%。5个欧洲型分离株之间的同源性为84.4%～99.7%,与欧洲代表毒株LV的同源性为87.2%-90.9%。重要蛋白基因分析结果显示,PRRSV在不断变异中,以非结构蛋白Nsp2和结构蛋白GP5的变异最快。61个分离株在非结构蛋白Nsp2部位均发生了 1-150aa不等的缺失。大部分分离株在重要结构蛋白GP5发生氨基酸突变,尤其是糖基化位点的位置和数量发生了不同程度的变化。欧洲型分离株GP3高变区含有多个缺失及突变。我们还发现了 4株新的PRRSV基因缺失毒株,这些毒株核苷酸或氨基酸的缺失位置及数量在中国尚未见相关报道。以上结果表明,猪群中的PRRSV主要流行毒株仍然是以高致病性PRRSV为主,但随着欧洲型PRRSV和类NADC30 PRRSV的发现,使得PRRS的防控情况十分严峻,迫切需要我们加强PRRSV监测工作。鉴于我国PRRSV流行毒株复杂多变的特点,为改进现有PRRSV通用荧光RT-PCR检测方法,根据国内PRRSV主要流行毒株全基因序列,设计特异性探针与引物,经过探针引物筛选及优化,建立了新的PRRSV通用型荧光定量RT-PCR检测方法。该方法具有较好的特异性、敏感性和重复性,能特异地检测国内所有PRRSV美洲型和欧洲型主要代表毒株,与其他主要猪病病原无交叉反应;其美洲型和欧洲型毒株的检测下限分别为20copies/μL和22copies/μL,特别在检测美洲经典型毒株和欧洲毒株时,敏感性优于当前商用试剂盒;其批内、批间重复试验中变异系数均在2.5%以内。用812份临床样品进行检测,符合率为94.2%。结果表明,该方法可广泛应用于PRRSV临床诊断以及PRRSV病原普查等工作。总之,本研究摸清了国内PRRSV的流行状况和遗传进化趋势并且建立了 PRRSV通用型荧光定量RT-PCR检测方法,对PRRS预防、控制和消灭具有重要意义。