医药物流在我国还是一个较新的概念,从2009年医药物流被列为十大振兴行业之一,到医疗卫生体制改革意见的提出,再到各项具体政策和措施的颁布和实施,新医改政策正在不断深入和细化中。它对我国的医药流通业特别是大型医药批发企业产生了深远而重大的影响,同时也对促进我国医药流通业向规模化、集中化、信息化等方向发展起到了重要的推动作用。在新医改时代,大型医药批发企业首先要提升自己的物流水平获得基本药物的配送资格,其次要在满足二次配送的提前下尽量的降低成本,提高服务。而大型医药批发企业想要做到满足新医改政策的低成本的全民配送,配送模式的选择和药品库存是其不可回避的关键问题。鉴于此,本文从供应链的视角结合新医改政策的发展趋势及其对大型医药批发企业的影响,分析了新医改政策下医药物流配送体系的选择及药品库存控制问题,采用对比分析论证的方法指出了适合当前新医改政策的医药两级配送体系,并以此两级配送体系为基础,利用系统动力学建立了传统库存和供应商管理库存两种模式下二级配送体系的模型,再通过仿真及数值分析进行对比,最后得出了供应商管理库存相对于传统的库存控制模式能有效的控制牛鞭效应,提高系统整体运营效率。本文具体研究工作主要如下：首先,对当前医药物流的特点和新医改政策进行了剖析,指出了新医改下医药物流配送体系的发展方向,并通过深入的分析与比较,指出大型医药批发企业建立省市二级配送的配送体系是其最佳选择。其次,对系统动力学及运用系统动力学来研究库存问题等基础理论作了相关分析,并对医药物流配送体系中的供应链管理、库存管理、供应链环境下库存管理等问题进行了一定的阐述和分析。再次,通过分析医药物流的特点,结合前文提出的医药配送两级供应链体系,利用系统动力学将实际的医药两级供应链配送体系进行简化和抽象,分别建立了传统库存模式下和供应商管理库存下的动力学模型。最后,在给定的几种终端需求函数下对所构建的传统模式和VMI模式下的系统动态行为模型进行了仿真,观察系统的动态行为,通过对比分析证明了供应商管理库存下的优越性。