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兰花(Cymbidium)具有很高的观赏价值、经济价值和文化价值,目前其新品种的选育多采用杂交育种方法,育种周期长,效率低。分子标记辅助选择育种能有效缩短育种周期,提高育种效率和效果,但迄今兰花上未见到有关分子图谱构建和分子标记辅助选择的研究报道。本研究采用‘玉女兰’(C.‘Yunv’)和‘黄叶红花墨兰’(C.sinense‘Huangyehongmo’)杂交构建F1作图群体,通过转录组测序开发SSR标记,并利用这些标记构建兰花分子遗传图谱。主要研究结果如下:1.作图群体的构建。对‘玉女兰’ב黄叶红花墨兰’杂交种子进行离体培养,共获得513个株系。对各株系的组培快繁特性和试管苗性状进行观测,结果表明,各株系在中间繁殖体增殖、分化能力以及芽苗生长速度上差异明显,试管苗形态多样,有松散、较紧凑和紧凑等各种类型,叶片长和叶片宽差异明显,说明杂种后代群体具有遗传多样性。从该群体中随机选取94个后代组成作图群体,该群体在组培快繁特性、株型和叶片性状上具有多样性,各类型的比例与原杂种后代群体相近。2.兰花转录组测序和SSR标记开发。对‘企剑白墨墨兰’(C.sinense‘Qijianbaimo’)的营养器官和生殖器官进行转录组测序,共获得51764个unigenes,利用MISA软件对1 kb以上的unigenes进行SSR位点的筛选,得到4419个SSR位点,出现频率为8.54%。墨兰转录组中的SSR类型丰富,从二核苷酸到六核苷酸重复基序均有分布,主要集中在二和三核苷酸,分别占57.00%和33.76%,AG/CT核苷酸基序占总核苷酸基序数的比例最高,为3.73%。利用Primer Premier 5.0进行引物设计,从4419对SSR引物中筛选出了318对SSR引物,从大花蕙兰转录组中获得185对SSR引物。以‘玉女兰’和‘黄叶红花墨兰’为材料进行通用性和多态性引物筛选,318对墨兰SSR引物共有235对引物在双亲中扩增出清晰的条带,其有效扩增率为73.89%,61对引物具有多态性,占可扩增引物的19.18%;185对大花蕙兰SSR引物中有143对引物扩增出清晰的条带,有效扩增率为77.29%,17对引物扩增出多态性条带,占可扩增引物的9.19%。3.兰花分子遗传连锁图谱的构建。以‘玉女兰’ב黄叶红花墨兰’F1群体中的94个子代为作图群体,利用从墨兰转录组和大花蕙兰转录组中获得的78个SSR标记,采用Mapmaker/EXP 3.0作图软件构建出包含13个连锁群、含有56个SSR标记的遗传连锁图谱,总图距为1608.90 cM,平均图距为32.15 cM。通过对基因组的估算,兰花基因组长度为2064.22 cM,遗传图谱覆盖率为77.92%。通过上述研究,从墨兰和大花蕙兰转录组中分别获得了318个和185个SSR标记,构建了第一张兰花SSR分子标记遗传图谱,为兰花育种目标性状的QTL定位、分子标记辅助育种奠定了坚实的基础。