行政机关负责人出庭应诉制度是《行政诉讼法》新增加的一项旨在解决行政诉讼中原告“告官不见官”、法院“审官不见官”的司法运行机制。通过对已公布行政机关负责人出庭应诉文本规范的省市和部门进行实证考察后发现，行政机关负责人出庭应诉制度尚处于实施阶段，无论从基本理论、实施程序还是实体构建等方面都存在诸多不成熟和不确定之处，影响了这一制度实施的有效性、可持续性。故有必要从理论层面对行政机关负责人出庭应诉制度进行深入的研究，为今后该制度的顺利实施提供充分的理论基础。再者，有必要对行政机关负责人出庭应诉制度实施近两年来的发展现状进行梳理，既要看到该制度的实施成效，亦不可忽视其在落实过程中面临的困境，旨在对这一制度的完善提供更加切实可行的建议。　　全文主体除了引言和结语外，共分为四个部分：　　第一部分：行政机关负责人出庭应诉制度的确立。首先分析了行政机关负责人出庭应诉的基本内涵，明确其内在的法理逻辑。其次，结合《行政诉讼法》修改草案稿以及修订过程中存在的争议，系统论述了该制度的确立背景、正式确立再到实施的整个发展过程，从而对这一制度有一个总体的把握。　　第二部分：行政机关负责人出庭应诉制度确立的意义。结合司法实践的具体发展情况，分析并总结了该制度实施近两年来取得的发展成果。在基础上结合实际案例，从不同角度论述这一制度确立的重要意义，亦不乏反思其出现的负面效应，既不过分拔高其作用也不贬低其制度价值。　　第三部分：行政机关负责人出庭应诉制度实施中存在的问题。通过考察各地各部门已公布的规范文本及实施方案，力求从不同地区之间差异极大的实证资料中抽象出当下行政机关负责人出庭应诉制度存在的若干典型问题，以有效的方法应对多样的问题。其典型问题有：应诉人员范围不明晰、部分地区应诉率偏低、应诉案件类型不合理、应诉综合能力不足、责任考核机制尚不完善等。　　第四部分：行政机关负责人出庭应诉制度的完善。本部分主要是针对上文所列举的问题提出完善的思路，分别从明确出庭应诉人员范围、厘清应当出庭应诉的案件类型、推进出庭应诉工作队伍建设、完善相关监督考核机制、严格落实行政应诉责任追究机制五个层面探寻解决之道，力求涵盖制度实施过程中暴露出的代表性问题，尽可能地构建出更具可操作性的实施机制。