作为分子生物学分析的基本工具，生物序列分析在后基因组时代的生物信息学中起着举足轻重的作用。对于蛋白质序列分析，关键在于有效地发现相似的序列片断、特定的结构—功能域和低相似性的同源序列。发现相似度较低的同源蛋白质序列是生物序列分析的一大难题，小波变换在发现这种弱同源性的蛋白质序列中有其独特的优势，尤其是发现氨基酸残基一致性低于25％的同源序列。小波分析有它的很多不确定性，比如选取何种小波，分解几层等都对分析结果有很大影响。为了规范本方法，本文主要讨论了用离散小波变换分析蛋白质序列相似性的方法中五个关键因素，包括代替模型、小波、分解层数、比较方法、相似性的度量。比较三个代替模型后发现，考虑了蛋白质的物理化学性质的三个主要方面—侧链组成、极性、分子体积这三个因素的代替模型(c-p-V模型)要优于其它两个。我们通过c-p-v模型代替后，对46种小波做了比较，以确定何种小波更适合于本方法，同时，确定了分解层数。我们发现本方法的结果受蛋白质序列长度影响较大而与蛋白质序列的相似度无关。为了消除序列长度带来的影响，我们设计了切片比较的方法，大大提高了长序列中相似性的发现率。为了评价用本方法分析蛋白质序列相似性时序列的相似程度，我们设计了S这一评价标准，并且成功地应用于蛋白质序列数据库查询方法的辅助分析。