内源性多肽是生物体存在的天然生物活性肽,其中内源性神经肽能够引发多种内分泌功能的关键信号传导反应,例如对体重的平衡、疼痛感的影响和精神疾病等。目前胰高血糖素样肽1(GLP-1)的类似物被用于治疗代谢性疾病的药物正在推广,因此,发现组织内新的内源性多肽并研究内源性肽对药物开发和疾病治疗具有很大作用。目前肽段鉴定的主流方法仍是质谱分析法和数据库搜索两种方法。同时,因为肽段的翻译后修饰(Post-Translational Modifications,PTMs)信息复杂多样,数据库搜索方法无法鉴定带有PTMs的肽段。因此发展更好的方法来提高内源肽的鉴定效率和灵敏度,能对生物医学的发展起到重要的推动作用。本文主要工作如下:1.分析现有质谱分析法和数据库搜索方法在鉴定质谱时的局限性,胰蛋白酶会降低内源肽样品的生物活性,使得质谱分析法提取得到的内源肽质量并不理想。提出了质谱归档库搜索流程方法,选择在公共数据库里那些未被鉴定的大鼠质谱数据作为研究对象,用于鉴定大鼠的内源性神经肽。2.利用质谱网络方法鉴定内源性神经肽可能包含的PTMs信息,质谱网络方法通过计算相似度聚类质谱,然后利用质谱图比对来鉴定氨基酸序列或翻译后修饰。计算质谱图的相似性时允许肽段的部分匹配,能够对特殊肽段的每个质谱图独立分析,所以本研究采用质谱网络方法来分析内源肽,从未鉴定的质谱图中解析出神经肽和其对应的PTMs信息。成功解析出了来自大鼠下丘脑组织的33条内源肽和对应的11个PTMs。本文以解析质谱为目标,分析了现有方法并建立质谱图数据库搜索流程鉴定肽段,利用质谱图数据库搜索结果,设计质谱网络方法流程鉴定肽段的PTMs。通过数据库搜索验证,确定了鉴定结果的准确性和有效性,为肽组学中鉴定质谱和复杂的PTMs提供了参考。