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藏猪是我国特色地方猪种,在原产地以半放牧方式饲养,具有耐粗、抗逆和抗病等优良特性,但这些优良特性如何形成目前尚不清楚。本研究利用16S rRNA基因测序技术对66头不同饲喂方式和不同海拔地区的藏猪肠道微生物组成进行分析,鉴别藏猪肠道中特异性显著富集的肠道菌群,探索这些肠道菌群对藏猪优良种质特性形成的影响。在藏猪肠道菌群组成方面,研究结果显示:拟杆菌门和厚壁菌门是所有检测藏猪肠道菌群的优势菌群。属水平上,发现有9个高丰度的核心菌属,共占据总测序reads的38.3%,其中Prevotella、Treponema和Succinivibrio的相对丰度位列前三。根据Spearman秩相关系数构建网络,这9个核心菌都处于互作网络的中心。采用ADSOINS分析饲喂方式、海拔和日龄等因素对藏猪肠道菌群组成的影响,其中饲喂方式对藏猪肠道菌群结构影响最大,达极显著水平,海拔和日龄的影响也达到显著水平。本研究就三种不同饲养方式进行比较,结果显示:饲喂高纤维含量青饲料的藏猪肠道微生物Alpha多样性最高,主要富集的是Bifidobacterium、RFN20、Allobaculum及Turicibacter等菌属;而饲喂淀粉饲料的藏猪肠道菌群Alpha多样性最低,主要富集的是Lachnospira、Faecalibacterium和Blautia等产生短链脂肪酸的菌属;饲喂商品配合饲料的藏猪肠道菌群Alpha多样性则介于两者之间,主要富集的是Bacteroides、Oscillospira、Parabacteroides及YRC22等菌属。海拔对藏猪肠道菌群组成也有显著影响,饲养在海拔2146米的藏猪肠道微生物Alpha多样性最高,海拔达到3000米以上的藏猪肠道菌群Alpha多样性最低。OTU水平上有28个OUT丰度与海拔上升趋势呈正相关,属水平上Anaeroplasma丰度随海拔上升而增加。日龄对藏猪肠道微生物组成同样具有显著影响,四月龄藏肠道菌群的Alpha多样性显著低于成年藏猪。属水平上Prevotella显著富集于四月龄藏猪肠道菌群中。将藏猪与其他猪种(杜洛克、二花脸和巴马香猪)的肠道菌群进行比较,发现藏猪肠道菌群Alpha多样性最高(香农指数),并显著富集了可能与抗病性相关的Verrucomicrobia、粗纤维代谢有关的Treponema和Succinivibrio等菌。肠道菌群功能预测分析也表明:藏猪群体特有的微生物或许与藏猪的抗逆、抗病和耐粗相关。这些研究结果有助于我们更好地探讨藏猪抗病、抗逆和耐粗等优良特性形成机理,为今后藏猪的开发利用提供新的参考。