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进入二十一世纪以来，利用线粒体基因组研究十足目动物的高阶系统发育关系得到了很多学者的重视。到目前为止，已经有30多个十足目物种的线粒体基因组被测定，但是所得到的基因组数据在十足目内部个分类单元的分布极不均衡。 十足目是一类物种极其多样的甲壳动物，作为系统发育研究的重要类群，众多学者对十足目的形态学与分子生物学方面做了大量研究。十足目本身作为一个单系群已为大多数学者认可，但是对于十足目内部的系统发育关系还没有达成一致的认识。 迄今为止，还没有猬虾下目的线粒体基因组全序列数据，本文第一次报道了来自猬虾下目的Stenopus hispidus(Olivier1811).的线粒体基因组全序列。Stenopushispidus线粒体基因全长为15，528 bp，包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和一个非编码的AT富含区；与后生动物典型的线粒体基因组22个转运RNA基因相比，存在1个trnQ基因的重复，一共含有23个转运RNA基因。和泛甲壳动物的线粒体基因组原始排列相比，Stenopus hispidus线粒体基因组全序列的基因排列出现了5个转运RNA基因的易位(trnL1，trnE，trnR，trnM，trnQ)，1个转运RNA基因的倒置(trnL1)，还有1个转运RNA基因的重复(trnQ)。可以看出，在猬虾下目中线粒体基因的基因序列排列并不保守。 基于线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的核苷酸和氨基酸序列的系统发育分析支持十足目(Decapoda)、枝鳃亚目(Dendrobranchiata)、腹胚亚目(Pleocyemata)、和爬行亚目(Reptantia)的单系性。本研究也支持真虾下目(Caridea)、猬虾下目(Stenopodidea)、异尾下目(Anomura)、短尾下目(Anomura)、龙虾下目(Palinura)和鳌虾下目(Astacidea)的单系性。研究结果表明真虾下目(Caridea)位于腹胚亚目(Pleocyemata)基部位置，猬虾下目(Stenopodidea)和爬行下目(Reptantia)形成姐妹群。异尾下目(Anomura)和短尾下目(Brachyura)聚成一支形成一个单系类群，即被广为接受的小尾类(Meiura)，龙虾下目(Palinura)和鳌虾下目(Astacidea)也聚成一个单系类群，与小尾类(Meiura)形成姐妹群。贝叶斯分析强烈支持((异尾下目+短尾下目)+(龙虾下目+鳌虾下目))的系统发育关系。