基于多种分子水平数据识别肥厚型心肌病的重要生物标志物及功能分析

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肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌非对称性肥厚且不伴有心室(一般为左心室)内腔扩大为特征的家族性心脏疾病,严重患者可能并发室性心律失常、房颤、心力衰竭及心源性猝死等,但其致病机制不详。因此,揭示HCM的致病机制,识别其重要生物标志物,对其诊断和治疗具有重要的科学与临床意义。随着分子生物学理论和技术的发展,国内外对HCM致病的分子机制研究有了较大的进展并取得了一定成果,但是研究的分子相对单一和局限,没能从分子间相互作用的网络层次去系统地研究其致病机制,已识别的重要生物标志物也比较有限。因此本文采用图论、复杂网络理论以及生物信息学的方法和手段,构建HCM相关的miRNA-mRNA-lncRNA三元混合网络;通过分析网络的拓扑特征和参数,识别HCM的重要标志物并分析其生物功能。本文的研究主要内容如下:  (1)构建HCM相关的miRNA-mRNA-lncRNA混合网络。首先整理HCM的lncRNA、mRNA和miRNA表达谱数据,包括去除空值和重复值等;然后,用T检验加倍数法筛选出显著差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA;接着,设计lncRNA、mRNA和miRNA三元混合网络构建方法,用差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA构建HCM的miRNA-mRNA-lncRNA混合网络。最后,采用复杂网络理论验证该混合网络的生物属性。  (2)基于miRNA-mRNA-lncRNA混合网络特征,筛选HCM相关的重要标志物。根据节点的中心性测度介数、度以及紧密度排序,分别筛选网络的重要节点,获得HCM相关的重要lncRNA、mRNA和miRNA。  (3)采用GO、KEGG和GeneCards等生物信息学工具并结合相关工作,分析HCM相关的重要lncRNA、mRNA和miRNA的功能,解释HCM致病的分子机制。
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