本文包含两部分内容。第一部分是南海深水金线鱼种群遗传结构，第二部分是福尔马林固定鱼类标本DNA提取方法的优化。第一部分，南海深水金线鱼种群遗传结构：深水金线鱼(Nemipterus bathybius)是我国南海主要的渔业经济种之一，在南海海域广泛分布。深水金线鱼种群遗传结构信息，是对其进行资源评估和资源管理的重要参考。目前人们对南海深水金线鱼种群的遗传结构尚不清楚。因此，我们在南海采集了深水金线鱼样本，选用微卫星为分子标记，对其种群遗传结构进行了初步探索。首先使用“微卫星富集文库”法，开发了深水金线鱼的微卫星标记。结果共获得深水金线鱼微卫星标记22个，其等位基因数的分布范围为4–13，平均为7.86；表观杂合度的分布范围为0.167–0.889，平均为0.590；期望杂合度的分布范围为0.278–0.904，平均为0.690；“哈迪·温伯格”平衡测试的结果表明，共有3个标记背离“哈迪·温伯格”平衡（校正P值≤0.0023）；零等位基因频率估算的结果表明，在2个标记中可能包含零等位基因（零等位基因频率估算值≥5%），连锁不平衡测试的结果表明，没有任何标记对之间存在连锁不平衡现象。在南海海域采集4个深水金线鱼地理群体（分别为南沙群体、湛江外海群体、珠江口群体、汕头群体）为样本，使用9个微卫星标记，对南海深水金线鱼种群遗传多样性水平及种群遗传结构进行了分析。在4个群体中共检测出等位基因100个。各标记的等位基因数平均为11.11，分布范围为6（J135A）—14（4-32）。各群体的等位基因数平均为7.9，分布范围为6.2（汕头）—8.8（南沙）。各群体平均表观杂合度的分布范围为0.561（汕头）—0.652（珠江口）；期望杂合度的分布范围为0.730（汕头）—0.780（南沙），说明各群体内部都具有高度的遗传多态性，并且各群体间遗传多态性水平没有明显差异。计算深水金线鱼各群体对间的FST值并进行显著性检验，发现在总共6个群体对中，有4个群体对的FST值具有显著性性差异。FST最高值为0.0309（南沙群体与湛江群体之间），未达到亚种群分化级别（0.05）。AMOVA分析表明，绝大部分遗传差异存在于地理群体内部（97.94%），仅有少量但是显著性的差异存在于群体之间（2.06%），南沙群体与南海北部群体间不存在显著性遗传差异。个体分配分析表明，将所有个体聚为一类，最为合理。MDS分析表明，各群体间的遗传距离在二维空间的排布与地理距离之间没有对应关系。上述分析均证明，南海深水金线鱼地理群体间的遗传分化程度非常微弱，所有地理群体都属于同一个种群。第二部分，福尔马林固定鱼类标本DNA提取方法的优化：气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理，利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质量差的难题，以福尔马林固定近50年的金线鱼（Nemipterusvirgatus）标本为例，研究DNA提取过程中多个因素对DNA提取产量的影响。以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素，以DNA提取浓度为评价指标，通过SPSS软件设计L8(4×24)正交实验。结果，得到的最优处理组为：肌肉组织样品经GTE缓冲液浸泡与酒精梯度处理后,90℃水浴30min，真空干燥处理，加入裂解液与蛋白酶K，55℃水浴消化3h，试剂盒法提取DNA。除甲醛处理是提高DNA产量的关键，处理步骤越多效果越好。90℃水浴后再消化能够显著提高DNA提取效率。通过对比标本DNA与新鲜样品DNA，PCR扩增的结果，证明使用优化方法提取的DNA能够满足后续研究的需求。