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本研究以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系为材料，利用微卫星（SSR）标记进行基因组扫描，构建鲤鱼遗传连锁图谱，并采用半同胞家系的分析策略对肠组织的酸性磷酸酶（ACP）活性和肠肝两组织的碱性磷酸酶(ALP)活性进行了QTL定位分析。研究结果如下：1.遗传连锁图谱的构建通过JoinMap4.0软件对分子标记进行连锁分析，偏分离标记315个，偏分离比例占28%，其中992个SSR标记发生连锁，共组成51个连锁群，覆盖基因组总长度为5183.9cM，标记间平均距离为5.22cM，谱的覆盖率为88.8％。构建连锁群中最大的为第51连锁群，由9个标记组成，图距为148.8cM；最小连锁群为第9连锁群，由9个标记组成，图距为42.2cM；其中第1连锁群具有最高分辨率，由40个标记覆盖72.4cM，标记间平均距离为1.85cM。2．鲤鱼肠组织和肝脏组织中碱性磷酸酶活性及肠组织酸性磷酸酶活性QTL定位研究肠组织碱性磷酸酶分析，检测到2个与碱性磷酸酶活性相关的QTL区间均为95%染色体水平显著性，其中一个QTL位于LG8(HLJ2634-HLJ3465)，95%置信区间为0-2cM，可解释表形变异率为7.3%；另一个QTL位于LG13(CA2278-CA246)，95%置信区间为23-28cM，可解释表形变异率为7%。肝脏组织中碱性磷酸酶分析，检测到2个与碱性磷酸酶活性相关的QTL区间均为95%染色体水平显著性，其中一个QTL位于LG8（HLJ1244-2-HLJ1897），95%置信区间为72-76cM，可解释表形变异率为20.1%；另一个QTL位于LG41(CA642-HLJ495)，95%置信区间为52-54cM，可解释表形变异率为8.3%。肠组织酸性磷酸酶分析，检测到5个与酸性磷酸酶活性相关的QTL区间。与酸性磷酸酶活性相关的5个QTL中，1个QTL为99%基因组水平显著性，位于LG28（CA2263-HLJ2873），99%置信区间为18-43cM，可解释表型变异率为39.9%；4个QTL为95%染色体水平显著性，分别位于LG2（CA2049-CA2371），LG14（HLJ3275-CA174）和（CA1276-CA2208）、LG25（HLJ2941-HLJ3946），95%置信区间分别为0-10cM、84-86cM、96-103cM和71-84Cm,可解释表型变异分别为10.0%、8.3%、8.1%和9.9%。3.肝脏组织碱性磷酸酶活性连锁的微卫星标记的BLAST比对结果通过BLAST将与肝脏ALP活性相关的QTL两端的SSR标记与斑马鱼全基因组序列数据库进行序列比对，取期望值≤1e-10的基因注释，结果显示：第8连锁群定位的QTL区间两端的微卫星标记HLJ1897和HLJ1244分别与斑马鱼13号染色体的NW001877335.3和NW001877356.3同源；同样比对第41号连锁群定位的QTL区间两端微卫星标记HLJ3948和HLJ495分别与斑马鱼13号染色体NW001877341.3和NW003040144.2同源。LG8和LG41连锁群上发现的QTL区间两端微卫星分子标记与斑马鱼全基因组比对结果显示，两个区间在比对斑马鱼染色体上有一个共同区间，在这一共同区间内，发现蛋白磷酸酶（protein phosphatase,Mg2+/Mn2+dependent,1Aa）与ALP活性相关，并在LG8对应的斑马鱼13号染色体区间找到无机磷酸酶基因（Inorganic pyrophosphatase）。本研究构建鲤鱼中等密度遗传连锁图谱，实现对肠组织酸性磷酸酶活性及肠肝两组织中碱性磷酸酶活性QTL的初步定位，为鲤鱼分子标记辅助育钟和比较基因组作图提供理论依据。