紫云英（Astragalus sinicus.L）属于豆科（Leguminosae）黄芪属一年生草本植物，又称翘摇、红花草、草子、等，主要分布于长江中下游、华南等地区、黄淮流域、美国、日本、韩国等国家也有种植。由于其作为绿肥对增加土壤微生物数量；调节土壤理化性状；改善土壤生态环境；提高土壤微生物固氮菌的积累；减少CO₂排放等起到致关重要的作用，因此对紫云英种质资源的保护和发掘利用有重要的应用价值。本研究供试材料为福建省农业科学院土壤肥料研究所提供的11个紫云英品种。在筛选优化的ISSR引物和用ISSR-PCR技术开发的紫云英SSR多态性引物的基础上对紫云英种质资源进行遗传多样性分析。本研究中主要内容及结果如下：1、用哥伦比亚大学（UBC）公布的100条ISSR引物对11个紫云英品种DNA的模板进行PCR扩增，筛选出15条扩增条带较好的ISSR引物和最佳的退火温度。再采用正交实验和单因素实验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的五种因素(模板，Mg²⁺, TaqDNA聚合酶，dNTP及引物)进行浓度优化。确立了适合紫云英的ISSR扩增的反应体系。在25μl反应体系中，其反应浓度为：DNA模版50.00ng，Mg²⁺2.00mol/L,Taq聚合酶1.0U,dNTP0.25mmol/L;引物0.20μmol/L,2.5μl10×buffer。反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性1min，50℃退火1min，72℃延伸1min，进行30个循环；72℃延伸7min。利用筛选出的ISSR引物对紫云英种质资源进行遗传多样性分析和开发SSR引物。2、选用四个ISSR引物U840（GA）₈YT；U₈84HBH（AG）7；U₈34（AG）₈YT；U835（AG）₈YC，经过两次测序三次引物合成开发出8对紫云英多态性SSR引物。用quantity one软件对进行聚类分析，建立相应的遗传距离矩阵,绘出UPGMA树状图，由聚类分析树状图可知以0.40为阀值可把11个紫云英品种分为两大类，再以0.58为阀值时其中一类又可为分为两亚类。同时还可以看出8487711和其它品种的亲缘关系有明显的不同。比较ISSR和SSR标记的聚类图，两者趋势大致相近，但不完全相同。综上所述，ISSR和SSR分子标记技术将为全国范围内的紫云英种质资源亲缘关系的分析鉴定、品种保护及育种工作提供科学依据。