虽然我国公司立法并没有赋予股东协议与公司章程、股东会决议相等的公司自治地位,但并不妨碍公司实务中股东运用协议达到维持公司人合性、控制投资风险、实现公司灵活治理的目的。从股东协议的理论价值来看,其具有尊重股东自治的意义,并且合同具有公平、效率、自由的品格可以实现公司真正持续有序的发展。从股东协议的实践应用中出发,股东协议域外发展既沿着封闭式公司立法的完善而展开,也在满足股东灵活治理、股东权利自由中开疆扩土,使得立法无法再忽视股东协议这一灵活治理方式。而将视线收回国内,也会发现股东协议在我国中小企业治理和创业企业投资适用中的高度频繁。通过对股东协议的理论价值与实践价值的充分阐明,逐步探讨股东协议的典型类型以及股东协议效力纠纷的典型类型,并进一步讨论股东协议的效力,及股东协议与公司组织规则的关系,讨论股东协议与组织规则的关系存在哪几种情形,并进一步提出当股东协议与组织规则出现冲突关系时,应遵循何种原则判定股东协议的效力。本文分为四个章节:本文的第一章为股东协议的基础理论研究。着重阐述股东协议的理论支撑和股东协议的适用意义。其中股东协议的理论支撑沿着公司自治与股东自治、决议效率与合同效率两对对立的概念展开,力图以比较的方式说明股东协议在公司治理中的优势。公司协议的适用意义着重阐述了目前股东协议在我国中小企业和创业投资中的典型适用。本文的第二章是股东协议的类型化及其效力纠纷的类型化。本章分为两部分,第一节为股东协议的类型化,第二节为股东协议效力纠纷的类型化。在股东协议的类型化研究中,主要以域外的股东协议的实践及裁判而展开。将股东协议的类型分为两类,一类是与公司治理相关的股东协议,并将沿着美国封闭式公司立法的发展展开讨论;一类是股东权利自由处分的股东协议,主要阐述两种典型类型,即表决权拘束协议、股份转让相关的股东协议。第二节为股东协议效力纠纷的类型化,以我国司法实践中常见的股东协议效力纠纷的类型为基础,梳理股东协议效力纠纷中的典型问题:股东协议对公司利益的忽视;股东协议对公司形式的实质变更;股东协议对股东设定义务的纠纷;股东协议对股东权利作出限制或扩大的纠纷。本文的第三章是对股东协议与法律规范冲突时的处置研究。本章分为两节,第一节是对股东协议内容效力的判断,以公司法上的强制性规范和任意性规范为区分,公司法上的强制性规范无可协议的空间,触及强制性规范的股东协议是无效的,以此讨论公司法上的强制性规范的范围,确定股东协议的效力的范围;并进一步讨论任意性规范下股东协议效力的判断标准,即在股东协议的可协议空间下,股东协议的效力以不损害他人利益和基本民法原则为判断标准。第二节是在第一节框定的股东协议内容的效力判断标准下,对典型的股东协议的效力纠纷做的进一步合规审查。本文的第四章是对股东协议与组织规则冲突时的处置研究。分为两个部分,第一部分论述了股东协议与组织规则的关系,股东协议与组织规则的关系包括三种,一种是后行为替代先行为,即后作出的股东协议、组织规则可以替代先作出的股东协议、组织规则,股东协议与组织规则不真正冲突,股东协议与组织规则的冲突三种。第二部分的内容试图在股东协议与组织规则在适用出现冲突时,为明确股东协议的效力和适用而提出三个处置原则,即维护商事外观主义、维护法定程序、维护股东对股权的自由处分三个原则。虽不能囊括股东协议与组织规则关系的所有情形,也无法解决股东协议与组织规则适用的所有冲突的可能,但至少可以提供一种思考的路径,以引起股东协议在我国公司治理中的更多关注,引起对股东协议与组织规则关系更多的关注。