多波束测深技术的不断发展使得测深系统的性能日益增强，如高分辨、超宽覆盖、实时显示等等。同时，高性能使得系统在工作时需要处理更大的数据量和更快的数据率，这对多波束测深存储系统的数据存储速率、容量、可靠性都有了更高的需求。本文针对这些需求研究设计了一种基于Altera-FPGA及其内嵌NIOS II软核处理器的SOPC嵌入式磁盘存储系统，该系统的存储介质为IDE接口硬盘。本文利用FPGA的逻辑电路设计IDE接口控制器，实现ATA/ATAPI-6接口协议，实现设备物理底层接口的数据传输；利用NIOS II处理器内部集成的uc/OS-II实时操作系统内核开发FAT32文件系统，实现数据以文件形式进行磁盘存储以及磁盘文件的脱机管理和操作。论文的研究工作总体上分为硬件设计和嵌入式软件开发两部分。一、硬件设计包括硬件电路板设计和FPGA硬件逻辑开发。论文根据采用的磁盘存储方案和设计要求，进行了电路原理图设计和印刷电路板绘制以及电路板焊接和测试，搭建出以FPGA芯片为核心的磁盘存储系统硬件实体平台。硬件逻辑设计完成了基于NIOS II处理器的嵌入式系统构建和生成；完成了IDE接口控制器的逻辑设计；完成了Hotlink高速串行数据收发器(CY7B923和CY7B933)的逻辑设计。二、嵌入式软件开发完成了基于uc/OS-II的FAT32文件系统设计；完成了IDE接口磁盘底层驱动程序开发；实现了磁盘数据文件的存储和操作功能。论文在完成系统硬件设计和软件开发后，进行了功能仿真和系统调试，验证了基于FPGA&NIOS II的多波束测深系统IDE磁盘存储方案的正确性和可靠性，验证了基于Hotlink的板间数据传输方案的可行性。