水稻是重要的粮食作物之一，为世界上一半以上的人口提供食物和营养来源，随着全球人口的不断增加和耕地面积的不断减少，只有通过选育高产品种提高水稻产量，才能满足社会发展和人口增长对稻米的需要。水稻的遗传多样性为水稻育种提供了丰富的材料，使我们可以有选择地培育出携带有我们所需性状的品种。对现有水稻地方品种的遗传多样性进行分析，根据品种间遗传距离的大小来选择强优势杂交组合，可以减少育种工作中选择亲本的盲目性，从而提高育种效率。稻瘟病是水稻的三大病害之一，也是限制水稻高产稳产的重要因素，其中以穗颈瘟的危害最为严重。选育和推广抗稻瘟病品种是解决稻瘟病的最有效、安全和环保的方法。发掘抗源和鉴定抗性基因是培育抗病品种的基础和前提。而分子标记辅助选择是鉴定抗性基因的有效手段。本研究选用74对SSR引物对115份中国水稻地方品种进行了遗传多样性分析；利用已开发的主效抗稻瘟病基因Pita和Pib的功能标记，对这115个品种和2009年、2010年江苏省粳稻中间试验的部分粳稻品系进行基因型检测，同时结合穗颈瘟田间接种抗性鉴定结果，通过相关性分析明确了Pita、Pib基因在江苏省粳稻穗颈瘟抗性中的价值。主要结果如下：1.74对引物共检测出266个位点，每个位点的等位基因数变幅为2～7个，平均位点为3.595个。平均多态信息量为0.576，变幅为0.115～0.793。品种间相似性系数分布在0.552～0.928之间，供试材料在0.621相似系数下，可分为2个类群:粳稻和籼稻。这些地方品种遗传多样性整体较丰富，品种间的遗传差异与地区有一定差异，有些来自同一地区的品种聚在一起，遗传背景较近，有些来自同一地方的品种在聚类图上分布较分散，遗传背景较远。2. Pita基因在我国浙江、福建、广东、广西、贵州、四川、安徽、江西、河南、河北、吉林的水稻地方品种中均有分布，而在江苏、上海、山东、湖南、湖北、辽宁地方品种中没有发现；Pib基因只在来自四川的地方品种桂东籼和河南的德国稻中携带，其他省的地方品种中均未发现。3.在江苏的主要推广粳稻品种中，晚粳品种基本都携带Pita和Pib这2个基因，部分迟熟中粳也携带这2个基因，而中熟中粳多数不携带。4. Pita、Pib基因与江苏省粳稻穗颈瘟的抗性呈正相关，Pita基因2年的相关系数分别为0.5、0.37；Pib基因2年的相关系数分别为0.55、0.51；Pita、Pib基因的联合效应与穗颈瘟抗性正相关系数分别为0.71、0.62。因此，同时携带这2个抗病基因可以大大提高江苏省粳稻穗颈瘟抗性。