在经济全球化、科学技术迅猛发展的背景之下，区域的重要性日益突出，区域竞争力成为国家竞争力的重要表现。而区域竞争力主要取决于区域自主创新能力，只有具有自主创新能力的区域，才能凝聚生产要素和创新资源，才能从根本上提高区域竞争力和获得绝对竞争优势。因此，如何提高区域自主创新能力以及如何构建区域创新系统已成为各个国家和地区所亟待解决的问题。 上海作为中国的经济中心，其区域自主创新能力一直处于全国领先水平，但上海在区域自主创新能力建设中依然存在“短腿”环节，上海要在全球区域竞争中取得绝对优势，必须进一步提高其区域自主创新能力。因此，必须通过对上海自主创新能力建设的现状和发展进程进行深入研究，以全面洞悉制约上海自主创新能力提高的内在原因。本文在对自主创新理论、国家创新系统理论、区域创新系统理论和区域自主创新能力评价方法进行全面研究的基础上，通过分析上海自主创新能力建设现状，提出了上海自主创新的影响因素，构建了上海自主创新能力建设的区域自主研发体系、政府服务支撑体系和社会服务支撑体系的评价指标体系，并运用主成分分析法首先对1997-2007年这三个体系的发展状况进行评价研究，以考察它们各自的发展特点和水平；然后从整体上对1997-2007年上海自主创新能力建设进行综合评价分析，以深入了解上海在区域自主创新能力建设进程中呈现出的特点、优势以及不足，最后针对问题提出具有可操作性的建议。