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H359与Acc8558是两个籼稻品种，对水稻细菌性条斑病病（简称水稻细条病）分别表现高感和高抗。本课题组利用H359／Acc8558组合的一个RI群体（131个株系）及其相应的RFLP-AFLP标记连锁图，已检测到11个与细菌性条斑病抗性有关的QTL；其中3个效应较大的QTL在F2群体中通过分离体分组混合分析法（BSA法）也检测到，它们分别位于1号染色体的标记Xpsrl16—C49间、2号染色体的标记C235A—Xpsr371间及5号染色体的标记R1553—C624间。为了进一步验证这三个QTL的真实性，并且寻找与以上三个区域连锁的PCR标记，本研究以H359为轮回亲本构建了一个该组合的回交二代群体，采用BSA法对三个QTL所在区域附近的57个SSR标记进行了分析，发现了6个与抗性QTL有关的SSR标记：RM246、RM128、RM208、RM573、RM161、RM459。利用该组合的RI群体，这6个标记被整合到原有RFLP+AFLP标记连锁图中，发现它们与原已定位的QTL所在区间表现较紧密的连锁关系，其中RM128距离Xpsrl16 7.3cM；RM246距离C49 2.3 cM；RM208距离C235 22.4cM；RM573距离C1419 10.7cM；RM161距离C624 6.9 cM；RM459距离R1553 2.7cM。本实验结果表明：效应较大的QTL可以在不同的实验群体中被检测出来，这为QTL存在的真实性提供了有力的间接证据。筛选到的6个SSR标记将可以应用于对这3个水稻细条病抗性QTL的标记辅助选择。 SSR标记被整合到该组合的RFLP+AFLP标记连锁图上以后，1号、2号和5号染色体连锁图的长度分别增了43.1cM、18.2cM和28.6cM。本文还讨论了SSR标记在H359／Acc8558组合中偏分离的现象。