【摘 要】
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以大黄鱼雌鱼基因组为参考,利用重测序技术深度挖掘候选SNP位点,以此为基础研制大黄鱼SNP捕获测序试剂盒,应用到2个家系中进行基于捕获测序的高密度遗传连锁图谱的构建,具体
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以大黄鱼雌鱼基因组为参考,利用重测序技术深度挖掘候选SNP位点,以此为基础研制大黄鱼SNP捕获测序试剂盒,应用到2个家系中进行基于捕获测序的高密度遗传连锁图谱的构建,具体结果如下:1、利用100尾大黄鱼优质成鱼基因组重测序数据挖掘出的高通量分子标记信息为基础,设计一款大黄鱼个性化捕获测序试剂盒。捕获目标片段5万个:含2.5万个位于基因编码区的片段、近2.5万个非编码区片段及重测序获得的全部miRNA序列。选取2011年秋季构建的大黄鱼家系中的LG和RY家系作为实验群体,应用个性化捕获测序技术对两个家系共108个个体进行高通量测序,获得测序总量88.67Gb,其中最小测序量325.68Mb,最大测序量2076.51Mb。通过GATK软件进行SNP检测,共得到52542个变异位点,包含SNP标记50132个,indel标记2410个,分布于大黄鱼雌鱼基因组的702个scaffold上。其中,LG家系共检出34873个分子标记,RY家系共检出标记位点39582个,两家系间相同标记数21913个。2、各家系利用捕获测序分别构建的遗传图谱结果:LG家系大黄鱼雄性遗传连锁图谱含有1509个标记,图谱总长1915.676cM;雌性遗传连锁图谱含有1830个标记,图谱总长2508.006cM;性别平均图谱由24个连锁群组成,标记总数2814个,分布于502个大黄鱼基因组scaffold上,图谱总长度3193.289cM,标记间平均间隔1.145cM。RY家系构建的性别平均遗传图谱含有24个连锁群,标记数量2056个,所有标记分布于427个scaffold,图谱总长2733.945cM,标记间平均间距1.345cM;雄性遗传连锁图谱总长1748.458cM,由1212个标记组成;雌性遗传连锁图谱总长1703.706cM,含有1222个标记。3、大黄鱼高密度整合遗传图谱结果:两家系整合的遗传连锁图谱总长3870.894cM,标记间平均间距1.007cM,总含有3869个分子标记,分布于571个scaffold上,占基因组总scaffolds的65.86%,图谱由24个连锁群组成,单个连锁群标记数从106到225个不等,整合图谱中来自LG家系的标记2383个、RY家系的标记有1791个,家系间锚定标记305个并分布于140个scaffold上。
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