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目的研究2000～2011年引起青海省麻疹流行的麻疹病毒的基因型特征,分析麻疹病毒的来源、传播和基因分布,进一步累积并丰富青海省本土流行的麻疹病毒的基因和氨基酸变异资料,并及时发现可能的输入病毒,为该地区进一步控制和消除麻疹提供科学依据。方法使用淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞(Vero/SLAM细胞)对麻疹疑似病例的咽拭子和/或尿标本进行病毒分离。经逆转录-聚合酶链反应(reverse transcript polymerase chain reaction, RT-PCR)方法对分离的麻疹病毒进行N基因羧基(carboxyl, COOH)末端676个核苷酸片段的扩增。通过对上述RT-PCR扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,以N基因COOH末端450个核苷酸序列片段构建基因亲缘性关系树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析,分析与疫苗株S191、中国麻疹H1a代表株China9322N蛋白羧基末端150个氨基酸的变异及2000～2011年麻疹流行株间N蛋白羧基末端150个氨基酸的变异。结果青海省2000～2011年分离的19株麻疹野病毒,均为H1基因型中的H1a基因亚型。19株H1a基因亚型麻疹野病毒N基因COOH末端序列分析结果显示,它们之间的核苷酸同源性为96.0%～100%,氨基酸同源性为92.7%～100%；与H1a基因型代表株Chin9322的核苷酸同源性为97.1%～99.5%,氨基酸同源性为94.0%～99.3%；以中国麻疹疫苗株S191为基准,青海省2000～2011年分离到的19株麻疹病毒共有32个氨基酸发生置换,置换率为21.3%(32/150),有16个氨基酸位点全部发生变异,有16个位点为部分氨基酸变异；青海省2000～2011年分离到的19株麻疹病毒与中国麻疹Hla代表株China9322的氨基酸差异为1～8个,2009～2011年的10株麻疹病毒与China9322的氨基酸差异明显增多；与2000～2005年的麻疹病毒流行株相比,2009～2011年的麻疹病毒N蛋白基因序列推导的氨基酸均有共同的3个氨基酸变化,在422位点由甘氨酸(G)变异为丝氨酸(S),在457位点由S变异为G,在497位点由精氨酸(R)变异为赖氨酸(K)。结论青海省2000～2011年流行的麻疹野病毒仍以本土基因亚型Hla为绝对优势基因亚型,未发现Hlb和Hlc亚型；2000～2005年分离到的的麻疹病毒在同一小分支,形成传播链1,2009-2011年分离到的麻疹病毒在另一小分支,形成传播链2。随着年份增加,19株麻疹病毒与中国麻疹疫苗株S191和中国麻疹Hla代表株China9322之间的氨基酸差异呈现增加趋势。2009～2011年的麻疹病毒N蛋白基因序列推导的氨基酸均有共同的3个氨基酸变异,提示应关注N蛋白氨基酸变异状况及变化趋势。